1. Latar Belakang
1.1. Padi
1.1.1. Peningkatan produktivitas tanaman padi merupakan bagian dari upaya untuk peningkatan produksi pertanian khususnya tanaman pangan
1.2. Kenapa Padi
1.2.1. Ketersediaan tanaman pangan ini mengalami fluktuasi dari waktu ke waktu, oleh karena itu untuk memenuhi kebutuhan pangan nasional maka produksi beras nasional perlu ditingkatkan.
1.3. MAS
1.3.1. Metode SSR(Simple Sequence Repeat (SSR) merupakan salah satu teknik molekular yang sering digunakan untuk penelitian diversitas genetik karena keakuratan informasi yang tinggi dan sangat polimorfik.
1.4. Kenapa menggunakan MAS?
1.4.1. Marka polimorfik dapat berasosiasi dengan karakter daya hasil tinggi sangat penting dilakukan guna aplikasi seleksi berbasis marka dalam rangka perakitan padi berdaya hasil tinggi.
1.5. Bahan yang digunakan
1.5.1. Sampel Daun Padi
1.6. Kenapa menggunakan bahan tersebut
1.6.1. Berkaitan dengan karakter daya hasil, baik daya hasil langsung maupun karakter komponen hasil,seperti jumlah malai, bobot bulir, fase senescence, tinggi tanaman, jumlah anakan, serta kandungan klorofil
2. Metode
2.1. Sebutkan prosedur dari MAS
2.1.1. 1. Isolasi DNA 2. Spektrofotometri 3. Amplifikasi DNA (PCR) 4. Elektroforesis dan Visualisasi 5. Analisis Data
2.2. Penjelasan Masing-Masing Prosedur
2.2.1. DNA padi diisolasi dari sampel daun padi muda dengan menggunakan metode CTAB
2.2.2. Pengujian kuantitas dan kualitas DNA genomik hasil isolasi dilakukan dengan mesin Spectrophotometer
2.2.3. Amplifikasi DNA dengan menggunakan PCR membutuhkan temperatur, waktu, dan siklus yang berbeda untuk setiap primernya.
2.2.4. Dielektroforesis dengan menggunakan gel agarose 3% dan atau polyacrylamide gel electrophoresis (PAGE) 8%. Visualisasi dilakukan dengan menggunakan alat gel documentation system (Syngene)
2.2.5. Analisis data molekuler dilakukan dengan skoring pita hasil visualisasi DNA.
3. SSR
3.1. Mengapa SSR
3.1.1. SSR merupakan salah satu teknik molekular yang sering digunakan untuk penelitian diversitas genetik karena keakuratan informasi yang tinggi dan sangat polimorfik.
3.2. Kelebihan
3.2.1. Primer yang digunakan untuk satu spesies tertentu dapat digunakan untuk berbagai macam tanaman dalam satu spesies
3.2.2. Kuantitas DNA yang digunakan sangat kecil
3.2.3. Metode relatif sederhana dan dapat dilakukan secara otomatis
3.2.4. Pasangan primer SSR tersedia dipasaran dalam jumlah yang besar
3.3. Kekurangan
3.3.1. Kesulitan kloning dan sequencing daerah flanking SSR
3.3.2. Biaya yang cukup tinggi
4. Hasil
4.1. Kriteria Daya Hasil
4.1.1. 1. %Polimorfis 2. Jumlah alel polimorfis 3. Nilai PIC ≥ 0,5 4. Karakter Terpaut
5. Kesimpulan
5.1. Keberhasilan
5.1.1. Tingkat keinformatifan primer ditentukan dari Tingkat keinformatifan marka dengan cara penghitungan Polymorphic Information Content (PIC) yaitu marka yang memiliki nilai PIC ≥ 0,5.
5.1.2. Genotip yang terseleksi oleh marka molekuler yang berkaitan dengan potensi hasil tinggi