1. In Vitro
1.1. Deacetylase assay
1.1.1. ที่มีอยู่คือ สารหมายเลข 3, 4, 5 และ 7 (Allegra, Dariten OD, Acitrom, และ WARF-5)
1.1.2. ใช้ AMC ที่ติด tag กับ p53 acetylated peptide เป็น substrate
1.1.3. control : Sirtinol
1.1.4. วิเคราะห์ผลโดย fluorescent intensity
2. In silico
2.1. 1. ทำ virtual screening
2.1.1. Screen โดย Autodock Vina
2.1.1.1. Ubantu
2.1.2. -ใช้โปรตีน 4KXQ (จาก PDB)
2.1.3. -ใช้โปรแกรม Openbabel เปลี่ยนสกุลไฟล์เป็น pdbqt
2.1.4. -database : DrugBank จาก zinc databse (1,716 ตัว)
2.1.5. -ขนาด Grid box : 16x16x17
2.1.5.1. ใช้โปรแกรม AutoGrid กับ Auto Dock
2.1.5.2. ใช้ 4I5I เป็นโมเดลในการหา Gird box
2.2. 2. หลังการ screen
2.2.1. คัดเลือกมาได้ 7 ตัว
2.2.1.1. จากการ screen ที่ได้มา 50 ตัว
2.2.1.1.1. ให้คะแนน binding energy โดย DrugScore eXtented
2.2.1.2. คัดเลือกจากตัวที่มีค่า LE มากกว่า 0.29 kcal-1mol-1HA-1
2.2.1.2.1. ตัวชี้วัดค่าการจับเกาะของลิแกนด์แต่ละตัว
2.2.1.2.2. การวิเคราะห์ประสิทธิภาพของลิแกนด์
2.2.2. ศึกษา interaction ลิแกนด์ทั้ง 7 โดย Pymol
2.2.3. ลิแกนด์ 7 ตัวแบ่งได้เป็น 2 seires
2.2.3.1. Series 1 : diphenyl derivatives
2.2.3.1.1. เกิด binding site กับ NAD+ และ Adenosine diphospho ribose (ADPR) ,inner-hydrophobic core และ Kac-substrate chain
2.2.3.1.2. หมายเลข 1,2,3 และ 4
2.2.3.2. Series 2 : oxycoumarin derivatives
2.2.3.2.1. เกิด binding site กับ NAD+inner-hydrophobic core และ Kac-substrate chain
2.2.3.2.2. หมายเลข 5,6 และ7
2.2.3.3. ทั้ง 2 series นี้จับกันได้ดีกับ SIRT1 บริเวณ catalytic site
2.3. 3. ทำ Molecular Dynamics Simulations
2.3.1. ใช้โปรแกรม Gromax
2.3.2. force field : amber99sb
2.3.3. ligand topologies : UCSF Chimera software
2.3.4. cubic box size : 0.6 nm
2.3.5. ดำเนินการเป็นเวลา 10 ns
2.3.5.1. ความดัน 1 bar
2.4. 4. วิเคราะห์ผล MD
2.4.1. RMSD
2.4.1.1. อุณหภูมิ : 300 K
2.4.1.2. วิเคราะห์การคงสภาพ,การแปรปรวนของโปรตีน
2.4.1.3. เส้นยิ่งนิ่ง แปลว่าลิแกนด์ตัวนั้นน่าจะมีผลกับโปรตีน
2.4.1.4. 2, 3 , 5 และ 6 ดูสม่ำเสมอกว่า
2.4.2. RMSF
2.4.3. Rg
2.4.3.1. รัศมีการหมุน
2.4.3.2. ใช้วิเคราะห์การจับแน่นกัน
2.4.3.3. ถ้าการ fold เสถียร ค่า Rg จะคงที่ แต่ถ้าไม่ ค่า Rg จะเปลี่ยนไปตามการหมุน