1. Fenotipik
1.1. Menyerbuk Sendiri
1.1.1. Pop. Campuran
1.1.1.1. Galur Murni
1.1.1.1.1. metode pemilihan dengan cara memisahkan individu – individu yang terdapat dalam populasi Varietas Asal kemudian digalurkan sehingga mencapai kondisi homozigot
1.1.1.2. Seleksi Massa
1.1.1.2.1. Positif
1.1.1.2.2. Negatif
1.1.1.2.3. Hallet
1.1.1.2.4. Rimpau
1.1.2. Pop. Hasil Persilangan
1.1.2.1. Pedigree
1.1.2.1.1. pencatatan dilakukan pada setiap anggota populasi bersegregasi dari hasil persilangan
1.1.2.2. Bulk
1.1.2.2.1. beberapa generasi tanpa seleksi pada generasi awal melainkan dilakukan seleksi pada generasi lanjut setelah tanaman banyak yang homozigot
1.1.2.3. Single Seed Descent
1.1.2.3.1. satu keturunan diambil satu biji dari setiap tanaman
1.1.2.4. Back Cross
1.1.2.4.1. Mengganti gen yang tidak diinginkan dengan yang kita inginkan, tetapi tetap mempertahankan gen yang sebelumnya yang dominan
1.2. Menyerbuk Silang
1.2.1. Pop. Campuran
1.2.1.1. Seleksi Massa
1.2.1.2. Ear to Row
1.2.1.2.1. Tanaman dalam satu baris merupakan saudara tiri (half sib)
1.2.1.3. Ear to Row to Ear
1.2.2. Pop. Hasil Persilangan
1.2.2.1. Reccurent
1.2.2.1.1. Simple Reccurent
1.2.2.1.2. General Combining
1.2.2.1.3. Reciprosal
1.2.2.1.4. Spesific Combining
1.3. Vegetative
1.3.1. Metode
1.3.1.1. Kultur Jaringan
1.3.1.1.1. Variasi Somaklonal
1.3.1.2. Mutasi
1.3.1.2.1. Merubah susunan genetik suatu gen
1.3.2. Seleksi Massa
2. Marka Molekuler
2.1. PCR
2.1.1. RAPD (Random Amplification Polymorphic DNA)
2.1.1.1. Mendeteksi adanya suatu polimorfisme DNA dalam suatu populasi atau antarpopulasi
2.1.2. SSR (Simple Sequence Repeats)
2.1.2.1. Mendeteksi adanya suatu polimorfisme DNA dalam suatu populasi
2.1.3. AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism)
2.1.3.1. Memperbaiki kelemahan RFLP
2.1.4. RFLP (Random Fragment Length Polymorphism)
2.1.4.1. Mengidentifiikasi sekuensi - sekuensi DNA
2.2. Enzim Restriksi
2.2.1. Memperoleh suatu urutan DNA dengan memotong genom DNA menjadi fragmen - fragmen dengan cara memotong ikatan fosfodiester pada untaian DNA