1. Respiratory
1.1. Bacterial
1.1.1. Tuberculosis
1.1.1.1. Mycobacterium tuberculosis
1.1.2. Pneumococcal pneumonia
1.1.2.1. Streptococcus pneumoniae, group A and B
1.1.2.2. Staphilococcus aureus
1.1.3. Atypical pneumonia
1.1.3.1. Legionnaires
1.1.3.1.1. Legionella pneumophila
1.1.3.2. Mycoplasma pneumoniae
1.1.3.3. Chlamydia pneumoniae, trachomatis and psittaci
1.1.4. Pneumonia
1.1.4.1. Haemophilus influenzae
1.1.4.2. Moraxella catarrhalis
1.2. Protozoal
1.2.1. Malaria
1.2.1.1. Plasmodium falciparum
1.3. Helminthic
1.3.1. Paragonimiasis
1.3.1.1. Paragonimus trematodes
1.3.2. Strongyloides hyperinfection
1.3.2.1. Strongyloides stercoralis
1.3.3. Hydatid disease
1.3.3.1. Echinococcus granulosus
1.3.4. Tropical pulmonary eosinophilia
1.3.4.1. Wuchereria bancrofti
1.3.4.2. Brugia malayi
1.4. Virus
1.4.1. Pneumonia
1.4.1.1. SARS
1.4.2. Influenza A
1.4.2.1. H1N1
1.5. Fungal
1.5.1. Aspergillosis
1.5.1.1. Aspergillus fumigatus, flavus and niger
1.5.2. Coccidioidomycosis
1.5.2.1. Coccidioides immitis
1.5.3. Histoplasmosis
1.5.3.1. Small form
1.5.3.1.1. Histoplasma capsulatum
1.5.3.2. Large form
1.5.3.2.1. Histoplasma capsulatum var. and duboisii
1.5.4. Blastomycosis
1.5.4.1. Blastomyces dermatitidis
1.5.5. Paracoccidioidomycocis
1.5.5.1. Paracoccidioides brasiliensis
2. Cardiovascular
2.1. Bacterial
2.1.1. Endocarditis
2.1.1.1. Streptococcus bovis
2.1.1.2. Viridans streptococci
2.1.1.3. Enterococcus faecalis
2.1.1.4. Staphylococcus aureus
2.1.2. Rheumatic fever
2.1.2.1. Streptococcus pyogenes
2.1.3. Tuberculosis
2.1.3.1. Mycobacterium tuberculosis
2.1.4. Syphilis
2.1.4.1. Treponema pallidum
2.2. Protozoal
2.2.1. Chagas disease
2.2.1.1. Trypanosoma Cruzi
2.3. Helminthic
2.3.1. Schistosomiasis
3. Gastrointestinal
3.1. Bacterial
3.1.1. Tuberculosis
3.1.1.1. Mycobacterium Tuberculosis
3.1.2. Dysentery
3.1.2.1. Shigellosis
3.1.2.1.1. Shigella Dysenteriae, flexneri, boydii and sonneii
3.1.2.2. Enterohaemorrhagic Escherichia coli
3.1.2.3. Enterocolitis
3.1.2.3.1. Campylobacter jejuni, coli and lari
3.1.2.3.2. Yersinia Enterocolitica
3.1.2.3.3. Salmonella typhimurium and enteritidis
3.1.2.3.4. Clostridium difficile
3.1.3. Watery diarrhoea
3.1.3.1. Escherichia coli
3.1.3.2. Vibrio Cholerae
3.2. Protozoal
3.2.1. Dysentery
3.2.1.1. Trichuriasis
3.2.1.1.1. Trichuris trichiura
3.2.1.2. Amebiasis
3.2.1.2.1. Entamoeba histolytica and dispar
3.2.2. Watery diarrhoea
3.2.2.1. Giardiasis
3.2.2.1.1. Giardia lamblia and duodenalis
3.2.2.2. Cryptosporidiosis
3.2.2.2.1. Cryptosporidium Parvum
3.2.2.3. Coccidiosis
3.2.2.3.1. Eimeria
3.2.3. Chagas Disease
3.2.3.1. Trypanosoma Cruzi
3.3. Virus
3.3.1. Watery diarrhoea
3.3.1.1. gastroenteritis
3.3.1.1.1. Rotavirus
3.3.1.2. Adenovirus
3.3.1.3. Norovirus
4. Hepatic
4.1. Bacterial
4.1.1. Leptospirosis (Weil Disease or Nanukayami disease)
4.1.1.1. Leptospira interrogans
4.1.2. Typhoid fever
4.1.2.1. Salmonella Typhi
4.1.3. Polymicrobial
4.1.4. Syphilis
4.1.4.1. Treponema pallidum
4.2. Protozoal
4.2.1. amoebic heptatitis/abscess
4.2.1.1. Entamoeba
4.2.2. Malaria
4.2.2.1. Plasmodium Falciparum, vivax. ovale and malariae
4.2.3. Trypanosomiasis
4.2.3.1. Trypanosoma Brucei
4.3. Helminthic
4.3.1. Schistosomiasis
4.3.1.1. Schistosoma mansoni, S. japonicum, S. mekongi, S. intercalatum, S. guineensis
4.3.2. Liver trematodes
4.3.2.1. Fasciola Hepática
4.3.3. Hydatidosis
4.3.3.1. Echinococcus granulosus and multilocularis
4.4. Virus
4.4.1. Hepatitis A-E
4.4.1.1. A:Picornavirus
4.4.1.2. B: Hepadnavirus
4.4.1.3. C: Flavivirus
4.4.1.4. D: Viroide
4.4.1.5. E: Calicivirus
4.4.2. Yellow fever
4.4.2.1. Flavivirus
4.4.3. Herpes
4.4.3.1. Herpes viruses
5. Renal Tract
5.1. Bacterial
5.1.1. Cystitis and pyelonephritis
5.1.1.1. Escherichia coli
5.1.2. Tuberculosis
5.1.2.1. Mycobacterium tuberculosis
5.1.3. Poststreptococcal
5.1.3.1. Streptococcus spp.
5.2. Protozoal
5.2.1. Malaria
5.2.1.1. Plasmodium falciparum
5.3. Helminthic
5.3.1. Schitosomiasis
5.3.1.1. Schistosoma haematobium and intercalatum
6. Neurologic
6.1. Bacterial
6.1.1. Meningitis
6.1.1.1. Streptococcus pneumoniae and suis
6.1.1.2. Meningococci
6.1.1.2.1. Neisseria meningitidis groups A,B and C
6.1.2. Leprosy
6.1.2.1. Mycobacterium leprae
6.1.3. Botulism
6.1.3.1. Clostridium botulinum
6.1.4. Diphtheria
6.1.4.1. Corynebacterium diphtheriae
6.2. Protozoal
6.2.1. Trypanosomiasis
6.2.1.1. Trypanosoma Brucei
6.2.2. Malaria
6.2.2.1. Plasmodium falciparum
6.2.3. Amoebic meningoencephalitis
6.2.3.1. Acanthamoeba
6.2.3.2. Naegleria fowleri
6.3. Helminthic
6.3.1. Cysticercosis
6.3.1.1. Cysticercus cellulosae
6.3.2. Hydatid
6.3.2.1. Echinococcus granulosus
6.3.3. Angiostrongyliasis
6.3.3.1. Angiostrongylus cantonensis
6.3.4. Gnathostomiasis
6.3.4.1. Gnathostoma spinigerum
6.4. Virus
6.4.1. HIV/AIDS
6.4.1.1. HIV
6.4.2. Meningitis
6.4.2.1. Enteroviruses
6.4.3. Human T-Lymphotrophic leukaemia
6.4.3.1. HTLV-1
6.4.4. Japanese encephalitis
6.4.4.1. Flaviviruses
6.4.5. Rabies
6.4.5.1. rabies virus genotype 1
6.5. Fungal
6.5.1. Meningitis
6.5.1.1. Cryptococcus neoformans
7. Dermatologic
7.1. Bacterial
7.1.1. Ulcers
7.1.1.1. Staphylococcus aureus
7.1.1.2. Impetigo
7.1.1.2.1. Streptococcus pyogenes
7.1.1.3. Treponema vicentii
7.1.1.4. Diphtheria
7.1.1.4.1. Corynebacterium diphtheriae
7.1.1.5. Buruli Ulcer
7.1.1.5.1. Mycobacterium ulcerans
7.1.1.6. Syphilis
7.1.1.6.1. Treponema pallidum
7.1.1.7. Chancroid
7.1.1.7.1. Haemophilus ducreyi
7.1.1.8. Tropical ulcer
7.1.1.8.1. Polymicrobial
7.1.2. Leprosy
7.1.2.1. Mycobacterium leprae
7.1.3. Tuberculosis
7.1.3.1. Mycobacterium tuberculosis
7.1.4. Anthrax
7.1.4.1. Bacillus anthracis
7.2. Protozoal
7.2.1. Leishmaniasis
7.2.1.1. Leishmania
7.3. Helminthic
7.3.1. Schitosomiasis
7.3.1.1. Schistosoma mansoni, japonicum and kabure
7.3.2. Loiasis
7.3.2.1. Loa loa
7.3.3. Onchocerciasis
7.3.3.1. Onchocerca volvulus
7.3.4. Larva migrans
7.3.4.1. Cutaneous
7.3.4.1.1. Ancylostoma ceylanicum
7.3.4.2. Viseral
7.3.4.2.1. Toxocara canis and cati
7.3.5. Strongyloidiasis o larva currens
7.3.5.1. Strongyloides stercoralis
7.3.6. Gnathostomiasis
7.3.6.1. Gnathostoma spinigerum
7.4. Virus
7.4.1. Ulcer
7.4.1.1. Herpes simplex
7.4.1.2. Herpes zoster
8. Musculoskeletal
8.1. Bacterial
8.1.1. Pyomyositis
8.1.1.1. Polymicrobial
8.1.1.1.1. S. aureus specially
8.1.2. Gas gangrene
8.1.2.1. Clostridium perfringens
8.1.3. Tuberculosis
8.1.3.1. Mycobacterium tuberculosis
8.2. Protozoal
8.2.1. Trichinosis
8.2.1.1. Trichinella spiralis
8.3. Helminthic
8.3.1. Cysticercosis
8.3.1.1. Cysticercus cellulosae
8.3.2. Hydatid
8.3.2.1. Echinococcus granulosus
8.4. Virus
8.4.1. Yellow fever
8.4.1.1. Flavivirus