1. Glycerol metabolisme
1.1. Lav udtrykkelse af stress markører.
1.2. Forløber gennem tre pathways; to kataboliske og én anabolsk
1.2.1. Katabolisme foregår gennem to dissimilære pathways, TCA (dehydrogenerings-) og oxidativ fosforyleringspathway. I begge dannes DHAP, som omdannes til pyruvat i glykolysen og videre i TCA.
1.2.1.1. Dehydrogenerings pathway
1.2.1.1.1. Glycrol oxideres til dihydroxyacetone (DHA) af glycerol dehydrogenase (GldA)
1.2.1.2. Fosforylerings pathway
1.2.1.2.1. Glycerol fosforyleres til G3P af glycerol kinase
1.2.2. Anabolsk pathway gennem glyoxylat shunt, som led i glukoneogenese - samtidig sænkning i udtrykkelse af enzymerne involveret i kataboliske pathways; bl.a. i gluconat- og ketogluconat-loop.
2. P. Putida
2.1. Alternativ organismer
2.1.1. Clostridium glycolicum
2.1.1.1. Spiser glycoler og omdanner den til biomasse
2.1.1.1.1. Ulempe: omdanner det ikke til PHA
2.1.2. P. fluorescens
2.1.2.1. Beskrivelse af transportmekanisme for EG ind i cellerne.
2.1.3. P. aeruginosa
2.1.3.1. Patogen - Not good
2.1.4. Flavobacterium NCIB 11171
2.2. Stammer
2.2.1. KT2440
2.2.1.1. Omdanner EG, men ikke til biomasse
2.2.1.1.1. Der ophobes gitige intermediater som glycolisk syrer og glyoxylisk syre
2.2.1.2. Fakta
2.2.1.2.1. Findes i jord
2.2.1.2.2. Gram negativ
2.2.1.2.3. Saprofytisk: Lever af dødt organisk materiale
2.2.1.2.4. Aerob
2.2.1.2.5. Bruger mange forskellige carbon kilder i sin metabolisme.
2.2.1.2.6. Har en høj toxicitets tolerance
2.2.1.3. Mutanter
2.2.1.3.1. MFL213
2.2.1.3.2. MFL185
3. Glyoxylat pathway
3.1. Modificering af TCA
3.1.1. Kommer ud fra nedbrydning af fedtsyrer
3.1.2. Der bliver ikke dannet CO2, da den springer over de to decarboxylerings trin
3.1.3. Alternativ, da oxaloacetat ikke gendannes ved C2-forbindelser i TCA
3.2. Citrat -> oxaloactat
3.2.1. Enzymer
3.2.1.1. Citratsyntase, aconitase, isocitrat lyase, malat syntase, malat dehydrogenase
3.3. Der dannes NADH
4. Co-substrat metabolisme
4.1. Glycerol virker til at kunne inducerer de enzymer, som skal bruges i metabolismen af EG.
5. Nedbrydning af plastik
5.1. PET
5.2. PHA
5.2.1. Intracellulære polyestre, som akkumuleres i nogle bakterier som energi og karbonlager
5.2.2. Reducerende ækvivalent pool for at opretholde cellens redoxbalance og beskytte mod oxidativt stress.
5.2.3. Kan måske erstatte traditionelt petroliumsbaseret plastik.
5.2.4. mcl-PHA: C8-C14
6. Metabolisme af EG
6.1. Oxideres til glyoxylat, som nedbrydes i glyoxylat cyklussen?
6.1.1. Kan omdannes til både og/eller acetyl-CoA (TCA)og malat (glyoxylat cyklus).
6.1.2. Glyoxylat kan også omdannes af AceA og GlcB til CO2 istedet for C2 forbindelse, som kan metaboliseres som Acetyl-CoA.
6.1.2.1. Denne omdannelse giver 2,5 reducerende ækvivalenter
6.1.3. Oxidationen katalyseres af PP_0545, PedI, PedE og PedH
6.1.3.1. Oxidationsprodukterne er glycoaldehyd, glycoxal og glycolat
6.1.3.1.1. Metabolismen af dette danner giftige intermediater som glycoaldehyd og glycolat gennem C2 metabolisme.
6.2. Hvad er ethylene Glycol?
6.2.1. C2-forbindelse
6.2.2. ethan-1,2-diol
6.2.3. Bruges i kølervæske og til den kemiske syntese af glyoxal, glycolisk syrer og glyxoylisk syre.
6.2.4. En af monomerene, der udgør PET