1. ASCOMYCOTA (vřeckovýtrusné)
1.1. Pezizomycotina
1.1.1. Pezizales
1.1.1.1. Aleuria aurantia
1.1.1.2. Desmazierella acicola
1.1.1.3. Peziza vesiculosa
1.1.1.4. Tuber melanosporum
1.1.1.5. Choiromyces meandriformis
1.1.1.6. Pyronema omphalodes
1.1.1.7. Rhizina undulata
1.1.2. Helotiales
1.1.2.1. Botrys cinerea
1.1.2.2. Hymenoscyphus fraxineus
1.1.2.3. Rhizoscyphus spp.
1.1.3. Hypocreales
1.1.3.1. Trichoderma harzianum
1.1.3.2. Tolypocladium ophistoglossoides
1.1.3.3. Ophiocordyceps unilateralis
1.1.3.4. Ophiocordyceps militaris
1.1.3.5. Ophistocordyceps sinensis
1.1.3.6. Beauveria bassiana
1.1.3.7. Epichloe typhina
1.1.4. Xylarieles
1.1.4.1. Xylaria longipes
1.1.4.2. Xylaria hypoxylon
1.1.4.3. Xylaria howeanum
1.1.4.4. Diatrypella quercina
1.1.4.5. Xylaria spp.
1.1.4.6. Cryptostroma corticale
1.1.5. Eurotiales
1.1.5.1. Penicillium roquefortii
1.1.5.2. Elaphomyces granulatus
1.1.5.3. Aspergillus niger
1.1.5.4. Aspergillus fumigatus
1.1.6. Erysiphales (Padlí)
1.1.6.1. Erysiphe alphitoides
1.1.6.2. Sawadae
1.1.6.3. Sphaerotheca
1.1.7. Laboulbeniales
1.1.7.1. Hesperomyces virescens
1.1.8. Pseudogymnoascus destructans
1.1.9. Histoplasma capsulatum
1.1.10. Orbilia
1.1.11. Drechslerella
1.1.12. Ophistoma novo-ulmi
1.2. Saccharomycotina
1.2.1. Sacharamycetales
1.2.1.1. Saccharomycopsis synnaendra
1.2.1.2. Candida albicans
1.2.1.3. Candida auris
1.3. Taphrinomycotina
1.3.1. Taphrinales
1.3.1.1. Taphrina deformans
1.3.1.2. Taphrina betulina
1.3.2. Schizossacharomycetales
1.3.2.1. Schizosacchharomyces octosporus
1.3.3. Dipodascopsis uninucleatus
1.3.4. Protomyces macrosporus
2. BASIDIOMYCOTA (stopkovýtrusné)
2.1. Agaricomycotina
2.1.1. Agaricales
2.1.1.1. Gymnopus androsaceus
2.1.1.2. Clavaria fragillis
2.1.1.3. Amanita phalloides
2.1.1.4. Lycoperdon perlatum
2.1.1.5. Apioperdno pyriforme
2.1.1.6. Cyathus striatus
2.1.1.7. Schizophyllum commune
2.1.1.8. Hypholoma fasciculare
2.1.1.9. Mycena galericulata
2.1.1.10. Mycena chlorophos
2.1.1.11. Armillaria ostoyae
2.1.1.12. Laccaria bicolor
2.1.1.13. Suillus luteus
2.1.1.14. Pleurotus citrinopileatus
2.1.1.15. Rhodotus palmatus
2.1.1.16. Flammulina velutipes
2.1.2. Boletales
2.1.2.1. Rhizopogon verii
2.1.2.2. Rhizopogon salebrosus
2.1.2.3. Boletus edulis
2.1.2.4. Serpula lacrymans
2.1.3. Polyporales
2.1.3.1. Laetiporus sulphureus
2.1.3.2. Ganoderma applanatum
2.1.3.3. Fomes fomentarius
2.1.3.4. Fomitopsis pinicola
2.1.3.5. Phaeeolus schweinitzii
2.1.3.6. Trametes versicolor
2.1.3.7. Phellinus pini
2.1.4. Russulales
2.1.4.1. Heterobasidion annosum
2.1.5. Cantharellales
2.1.6. Phallales
2.1.6.1. Phallus impudicus
2.1.6.2. Clathrus archeri
2.1.7. Calocera viscosa
2.1.8. Gaestrum sp.
2.1.9. Tremella foliacea
2.1.10. Auricularia auricula-judae
2.1.11. Tremella mesenterica
2.2. Pucciniomycotina
2.2.1. Pucciniales
2.2.1.1. Puccinia graminis
2.2.1.2. Phragmidium mucronatum
2.2.1.3. Uromyces
2.2.1.4. Gymnosporangium sabinae
2.2.1.5. Hemileia vastatrix
2.2.1.6. Cronartium ribicola
2.2.2. Septobasidiales
2.2.2.1. Septobasidium
2.2.3. Microbotryomycetes
2.2.3.1. Microbotryum violaceum
2.2.4. Rhytisma acerinum
2.3. Ustilaginomycotina
2.3.1. Ustilaginales
2.3.1.1. Ustilago maydis
2.3.1.2. Urocystis eranthidis
3. NUCLEARIA
4. MUCOROMYCOTA
4.1. Mucoromycotina
4.1.1. Mucorales
4.1.1.1. Rhizopus stolonifer
4.1.1.2. Syncephalastrum racemosum
4.1.1.3. Cunninghamela echinulata
4.1.1.4. Mucor moelleri
4.1.1.5. Absidia spinosa
4.1.1.6. Pilobolus klienii
4.1.1.7. Spinellus fusiger
4.2. Mortierellomycotina
4.3. Glomeromycotina
4.3.1. Glomerales
4.3.1.1. Glomus irregulare
4.3.2. Geosiphon pyriforme
5. ROZELLOMYCOTA
5.1. Microsporandia
5.1.1. Nosema apis
5.2. Cryptomycota
6. NEOCALLIMASTIGOMYCOTA
6.1. Neocallimastigales
6.1.1. Piromyces sp.
7. CHYTRIDIOMYCOTA
7.1. Chytridiomycetes
7.1.1. Chitridiales
7.1.1.1. Synchytrium endobioticum
7.1.1.2. Globomyces pollinis-pini
7.1.1.3. Cladochytrium fenue
7.1.2. Batrachochytrium dendrobatidis
7.1.3. Batrachochytrium salamandrivorans
7.2. Monoblepharidomycetes
7.2.1. Monoblepharidales
7.2.1.1. Monoblepharis polymorpha
8. BLASTOCLADIOMYOTA
8.1. Blastocladiales
8.1.1. Allomyces macrogynus
8.1.2. Coelomomyces
9. ZOOPAGOMYCOTA
9.1. Entomophthoromycotina
9.1.1. Entomophthora muscae