Project Plan

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Project Plan by Mind Map: Project Plan

1. filtro 5: considerar apenas os genes que apresentam o pvalor da diferenca de correlacao menores do que 0.2 em todos os estudos presentes.

2. filtro5

2.1. testar se a correlacao eh igual a 1 ou -1

2.1.1. pvalor < threshold

2.1.1.1. direcao da correlacao eh 0

2.1.2. pvlor > threshold

2.1.2.1. direcao da correlacao eh igual ao sinal da correlacao original

2.2. manter apenas os pares com correlaco de mesmo sentido em todos os estudos

3. Array Express

3.1. write scripts

3.2. mus musculus

3.3. homo sapiens

4. DAPs X DEGs

4.1. write scripts

4.2. Results

4.2.1. List results

4.3. immune system

4.4. cervical cancer

4.5. antibiotics

5. DEGs

5.1. write scripts

5.2. Results

5.2.1. List results

5.3. immune system

5.3.1. Check why it is not the same as paper!

5.4. cervical cancer

5.5. antibiotics

6. DAPs

6.1. rewrite scripts

6.1.1. Legenda:

6.1.1.1. Feito no codigo atual

6.1.1.2. Nao feito no codigo atual

6.1.1.3. Ordem do algoritmo atual

6.1.2. filtro 1: missing de 30 % toleravel - gene tem q passar nesse filtro em todos os estudos (immune system) ou em ao menos 3 estudos (cervical cancer)

6.1.3. Calculo da correlacao e diferenca de correlacao

6.1.4. filtro2: pares tem que estar presentes e com sample maior que 2 em ao menos 3 estudos(cervical cancer)

6.1.5. filtro 3: mesma direcao da diferenca de correlacao em todos os estudos

6.1.6. filtro 4: considerar apenas os genes que aprensentam mesma direcao de correlacao a nivel de significancia de 0.2 em pelo menos 1 estado (doente ou saudavel)

6.1.7. Calculo do pvalor da diferenca de correlacao

6.1.8. Meta-analise das diferencas de correlacao: Fisher p-value

6.1.9. filtro 6: If fdr_fisher < 0.0025 entao DAP!

6.2. Results

6.2.1. List results

6.3. immune system

6.4. cervical cancer

6.5. antibiotics

7. Journal Club

7.1. Define paper

7.2. Define date

7.3. Reserve a room

7.4. Send invites

8. Classes

8.1. Linux

8.2. Python

8.3. Bioinformatics

9. Conferences

9.1. OHSU

9.1.1. Prepare abstract

9.1.2. Prepare poster

10. number of DAPs X number of DEGs

11. Write papers

11.1. First paper

11.1.1. First draft

12. Write thesis

13. Legendas

13.1. curto prazo

13.2. medio prazo

13.3. longo prazo

14. PAPERS

14.1. Detecting Differentially Coexpressed Genes from Labeled Expression Data: A Brief Review