Computer-aided Molecular Design

MindMap für CAMD

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Computer-aided Molecular Design by Mind Map: Computer-aided Molecular Design

1. Represantation and Description of Small Molecules

1.1. Structural Fragment/ Fingerprints

1.1.1. Tanimoto

1.1.2. Circular Fingerprints

1.2. Molecular Graphs

1.3. Linear Notations

1.3.1. SMILES

1.4. Topologische Indices

1.4.1. SSSR

1.4.2. Wiener- Index

1.4.3. Branching Index

1.5. Molecular Surface

1.5.1. v.d. Waals

1.5.2. Conolly

1.5.3. SASA

1.6. Molecular Force Field

1.6.1. Bond Stretching

1.6.2. Angle Binding

1.6.3. Torsion Angles

1.7. Small Molecules

1.7.1. Hydrogens

1.7.2. Salze

1.7.3. Ionisation

1.7.4. Mesomere

1.7.5. Aromatizität

1.7.6. Tautomerie

1.7.7. Stereochemie

1.7.8. Konformere

1.7.9. Chiralität

2. (Dis)-similarity and Clustering

2.1. Volumen und Oberflächenpotential

2.2. Hydrophobe und polare Regionen

2.3. HBondakzeptorenpotential

2.4. Strukturaktivitätsbeziehung

2.5. SALI

2.6. MMPs

2.7. Clustering

2.7.1. Agglomerativ hierarchisch

2.7.2. Divisiv hierarchisch

2.7.3. Intercluster Distance

2.7.3.1. Complete linkage

2.7.3.2. Single linkage

2.7.3.3. Group average

2.7.3.4. Centroid

2.7.3.5. Median

2.7.3.6. Wards

2.7.4. Zellbasiert

2.7.4.1. Vorteile

2.7.4.2. Nachteile

2.7.5. DBCS- Algorithmus

2.8. Feature Trees

2.9. Shape-based Screening

2.9.1. VROCS

2.10. Automated- Ligand Docking

2.10.1. Docking

2.10.1.1. Ligand-Docking Workflow

2.10.1.2. Protein-Ligand Docking

2.10.1.2.1. Direct replacement

2.10.1.2.2. Growing

2.10.1.2.3. Fragment linking

2.10.1.2.4. Algorithms

2.10.1.2.5. Modes

2.10.2. Scoring

2.10.3. Degree of freedom

2.11. Scoring function

2.11.1. Szenario

2.11.1.1. Binding Mode Prediction

2.11.1.1.1. Pose prediction in docking

2.11.1.2. Identifikation von neuen aktiven Liganden

2.11.1.2.1. Virtual Screening

2.11.1.3. Affinitätseinstufung für Verbindungen

2.11.1.3.1. Ligand design

2.11.1.3.2. Lead optimization

2.11.2. Typen

2.11.2.1. Kraftfeldbasiert (233)

2.11.2.2. Empirisch (234)

2.11.2.3. Wissensbasiert (235)

2.12. ROC Curve

3. Protein Ligand Interactions

3.1. Drug Targets

3.1.1. Enzym

3.1.1.1. Reversibler Inhibitor

3.1.1.2. Irreversibler Inhibitor

3.1.2. Rezeptor

3.1.2.1. Agonist

3.1.2.2. Antagonist

3.1.3. Ionenkanal

3.1.3.1. Blocker

3.1.3.2. Öffner

3.1.4. Transporter

3.1.5. DNA

3.2. Gibbs freie Energie

3.3. H-Bond

3.4. Hydrophobic Interactions

3.5. Aromatic Interactions

3.6. Softwares

3.6.1. BROOD

3.6.2. Relibase und Relibase+

3.7. Entropie

4. Data Sources

4.1. CAS Scifinder

4.2. PubChem

4.3. Cambridge Structural Database

4.4. ChEMBL

4.5. ZINC

4.6. DUD-E

4.7. PDB

5. Scientific workflow tools

5.1. Orange

5.2. KNIME

6. Multitarget Screening

6.1. Anwendungen

6.1.1. Selektivität

6.1.2. Targetsuche

6.1.3. Assay read-out

6.1.4. ADME/Tox

6.2. SEA

6.3. Tergetvorhersagemethoden

6.3.1. Ligandbasiert

6.3.2. Strukturbasiert

7. CAMD

7.1. Computional methods for finding a lead

7.1.1. no protein, no ligand

7.1.2. protein, no ligand

7.1.3. no protein, ligand

7.1.4. protein, ligand

7.2. Vorteile

7.3. Nachteile

7.4. In Silico- Strategie

8. Homology Modelling

8.1. Proteinstrukturvorhersage

8.2. Vorlagestrukturen

8.3. Modellierung

8.3.1. Templateidentifizierung und Alignmentinitalisierung

8.3.2. Alignmentkorrektur

8.3.3. Backbone Modelling

8.3.4. Rigider Körper

8.3.5. Segment Matching

8.3.6. Spatial restraints

8.3.7. Loop Modelling

8.3.7.1. Wissensbasiert

8.3.7.2. Energiebasiert

8.3.8. Seitenkettenmodellierung

8.3.8.1. Wissensbasiert

8.3.8.2. Energiebasiert

8.3.9. Modelrefiniment

8.3.10. Modelvalidation

9. Working with Protein Structures

9.1. B-Faktor

9.2. % Template structures

9.3. Occupancy

9.4. 3D Protein Structures issues

9.5. Resolution

10. Predicting Ligand Binding Sites

10.1. Identifikation

10.1.1. Pocket

10.1.1.1. Rotationswinkel

10.1.2. Surfnet

10.1.3. PASS

10.2. Druggability und die Vorhersage

10.2.1. Bindestellevolumen

10.2.2. Polarität

10.2.3. Zugänglichkeit

11. Visual Screening

11.1. Ziel

11.2. Techniken

11.2.1. Single active molecule

11.2.2. few molecules with different activities

11.2.3. target structure

11.2.4. medium-sized set of molecules with different activities

11.3. Klassisch

11.4. Computerunterstützt

11.5. Leitstruktur

11.6. Filter

11.6.1. PAINS

11.6.1.1. FAFDrugs2

11.6.2. Lipinski-Regel

11.7. Pharmakophore

11.7.1. Vorteile

11.7.2. Nachteile

11.7.3. Software

11.7.3.1. LigandScout

11.7.3.2. MOE

11.7.3.3. Schrödinger

11.7.4. Interaktionen

11.8. 3D Virtual Screening

12. Errors in Experimental Data

12.1. Genauigkeit

12.2. Präzision

12.3. Richtigkeit

13. Drug Research Through the Ages

14. QSAR