1. SECTOR CENTRAL
1.1. Cabeza del sector
1.1.1. MINISTERIO DE AMBIENTE Y DESARROLLO SOSTENIBLE
1.1.1.1. Rector de la gestión ambiental y encargado de generar políticas, planes, proyectos, reglamentos y programas para la protección y aprovechamiento de recursos naturales.
1.2. Unidades administrativas especiales
1.2.1. PARQUES NACIONALES DE COLOMBIA
1.2.1.1. Encargada de generar planes, proyectos, políticas, reglamentos y programas sobre áreas de especial importancia.
1.2.1.2. Otorga permisos y concesiones para el aprovechamiento de recursos naturales en estas áreas.
1.2.2. AUTORIDAD NACIONAL DE LICENCIAS AMBIENTALES
1.2.2.1. Encargada de otorgar permisos y licencias ambientales
1.2.2.2. Encargada de las multas, estudios, seguimientos y tramites entre otras funciones
2. SECTOR DESCENTRALIZADO
2.1. Entidades adscritas
2.1.1. Instituto de hidrológica, meteorología y estudios ambientales (IDEAM)
2.1.1.1. Eencargado de realizar estudios técnicos y científicos a los ecosistemas de patrimonio ambiental.
2.1.1.2. Encargado de suministrar información al sistema nacional ambiental (SINA)
2.2. Entidades vinculadas
2.2.1. Instituto de investigaciones marinas y costeras "Jose Benito Vives de Andreis" (INVEMAR)
2.2.1.1. Encargada de realizar estudios técnicos en zonas costeras y marinas
2.2.2. Instituto de investigación de recursos biológicos "Alexander Von Humboldt"
2.2.2.1. Encargada de realizar estudios técnicos, en la flora y la fauna e hidrobiológicos, ademas de suministrar información de los estudios.
2.2.3. Instituto de investigaciones ambientales del pacifico "Jhon von Neumann"
2.2.3.1. Encargado de la investigación social ecológica y biológica en el litoral pacifico.
2.2.3.2. Encargado de suministrar información al sistema nacional ambiental (SINA)
2.2.4. Instituto Amazónico de investigaciones científicas (SINCHI)
2.2.4.1. Encargado de la investigación social ecológica y biológica en el Amazonas
2.2.4.2. Encargado de suministrar información al sistema nacional ambiental (SINA)
3. ORGANISMOS AUTONOMOS
3.1. CORPORACIONES AUTÓNOMAS REGIONALES
3.1.1. Desarrollan todo tipo de actividades como financieras, sanciones, permisos, licenciamientos, de acuerdo a su nivel de competencia.