1. Природа
1.1. Со всех сторон Кенозерский национальный парк окружают леса. Территория парка на три четверти покрыта лесной таёжной растительностью, остальную территорию занимают болотные массивы, луга, озёра (Кенозеро, Лёкшмозеро и др.). За тысячи лет эволюции и смен климатических эпох на этой территории сформировались смешанные сосново-еловые леса, занимающие площадь около 106 тысяч га или 76 % территории национального парка. Хозяйственное освоение территории значительно изменило их облик. В современных лесах парка преобладают смешанные по составу и сложные по строению древостои, в основном — сосновые и еловые насаждения, возраст которых не превышает 120 лет. Относительная молодость лесов связана с довольно активным применением в прошлом подсечно-огневого земледелия, кардинально изменившим их возрастную и породную структуру. Тем не менее, на территории сохранились фрагменты коренных лесов (около 5 тысяч га), практически не затронутых хозяйственной деятельностью.
2. Флора
2.1. Флора Кенозерья имеет специфический облик средней тайги, её особенность — присутствие западно-сибирских и европейских видов. Всего на территории Парка отмечено произрастание более 600 видов высших сосудистых растений из 77 семейств, из которых 53 относятся к категории редких и исчезающих.
2.1.1. сложноцветные, злаки, осоковые, розоцветные и норичниковые. Из растений, помещенных в Красную книгу Международного союза охраны природы, встречается башмачок настоящий, а в Красную книгу РФ — башмачок настоящий, полушник тончайший, полушник озёрный и пальчатокоренник Траунштейнера.
3. Фауна
3.1. Расположение парка у северной границы среднетаёжной подзоны, разнообразие ландшафтов наряду с историческими особенностями формирования природных комплексов определяют смешанный состав фауны.
3.1.1. На территории Парка обитают как типичные среднетаёжные виды (в частности, рыжая полёвка, лесная мышовка, белка, заяц-беляк, медведь, лось, рябчик, глухарь), так и виды, более характерные для широколиственно-лесной и даже степной природных зон (мышь-малютка, обыкновенная полёвка, перепел, серая куропатка, коростель, пустельга), а также животные северной тайги и тундры (лесной лемминг, красная полёвка, росомаха, белая куропатка и др.). До 40 % видов обитают у северной или южной границ своего ареала. На территории Парка зарегистрировано 263 вида птиц, 50 видов млекопитающих, 5 видов земноводных и 4 вида рептилий. Для ихтиофауны водоёмов Парка также характерен смешанный состав. Здесь обитают 28 видов рыб из 7 отрядов, в том числе лещ, сиг, европейская ряпушка, налим, окунь, язь, обыкновенная щука, ёрш. В озере Кенозеро обитают два вида миног. Из видов животных, занесённых в Красную Книгу Международного союза охраны природы, на территории парка встречаются орлан-белохвост, сапсан, обыкновенная жемчужница и панцирный бокоплав. Одиннадцать видов животных занесены в Красную книгу России, в том числе белоклювая гагара, гусь-пискулька, беркут и кречет.