1. Según Darwin, todas las especies provienen de un origen común, del cual se fue diversificando gracias a la selección natural. Este mecanismo evolutivo se puede resumir en que las especies mejor adaptadas al medio que les rodea, se reproducen y tienen una descendencia que, a su vez, tiene más posibilidades de reproducirse de manera exitosa, dando paso a nuevas generaciones. El naturalista inglés también aceptaba la idea de la extinción, que era la otra cara de la moneda: las especies menos adaptadas al medio tendían a ir reproduciéndose cada vez menos, en muchos casos llegando a desaparecer.
2. La evolución es un hecho
2.1. Aunque hablamos como la teoría de la evolución, en realidad es un hecho, y hay pruebas para no dudar de su existencia. Lo que se discute es cómo ha de ser la teoría científica que explique la evolución de las especies de la que hay evidencias, no se cuestiona ese proceso en sí.
2.1.1. Registro fósil La paleontología, la disciplina que estudia los fósiles, ha demostrado que los fenómenos geológicos necesitan mucho tiempo para completarse, como por ejemplo la fosilización. Muchos fósiles son muy diferentes a las especies actuales, pero a la vez, tienen cierto parecido. Suena raro pero con un ejemplo será más fácil de entender.
2.1.2. Vestigios y diseños imperfectos Algunos seres vivos tienen diseños que podríamos decir que son imperfectos. Por ejemplo, los pingüinos y avestruces tienen alas y huesos huecos, pero no pueden volar. Lo mismo pasa con la ballena y serpiente, que tienen pelvis y fémur, pero no caminan. Esos órganos se conocen como vestigios, órganos que eran útiles a un antepasado pero ahora no tienen uso.
2.1.3. Homologías y analogías Cuando se compara la anatomía entre diferentes organismos, podemos encontrarnos con casos que, una vez más, son una prueba de la evolución. Algunos de ellos son consisten en homologías, en las que dos o más especies presentan una estructura similar en algunas de las partes de su anatomía, pero son para ejercer diferentes funciones, lo cual se explica porque provienen de un mismo antecesor. Ejemplo son las extremidades de los tetrápodos, pues todos ellos presentan una disposición estructural similar a pesar de que sus extremidades tienen diferentes funciones (caminar, volar, nadar, brincar, etc.).
2.1.4. Secuenciación del ADN Por último, el código genético, salvo algunas excepciones, es universal, es decir, todo organismo usa el mismo. Si no lo fuera, no sería posible que la bacteria E.coli pudiera producir insulina humana al introducir en ella el gen (de origen humano) responsable de generar esta sustancia, tal y como lo hacemos hoy en día. Además, los transgénicos son otra evidencia de que el material genético de todas las formas de vida tiene la misma naturaleza. Otra evidencia de que todas las especies tiene un origen común y prueba de la evolución.