Ingeniería Metabólica

Mapa semántico de Ingeniería Metabólica

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Ingeniería Metabólica por Mind Map: Ingeniería Metabólica

1. Estequiometría de las reacciones celuares

1.1. Balances de masa de metabolitos intracelulares y rendimientos

1.1.1. fuente de C + fuente de N + oxígeno = biomasa + producto + met. secundarios

2. Regulación metabólica

2.1. Regulación de enzimas

2.1.1. Concentración de enzima

2.1.2. Inhibición enzimática

2.1.2.1. Competitiva

2.1.2.2. Acompetitiva

2.1.2.3. No competitiva

2.1.2.4. Por sustrato

2.1.3. Isoenzimas

2.1.4. Regulación alostérica

2.1.5. Compartamentalización

3. Regulación de redes metabólicas

3.1. Puntos de ramificación

3.1.1. Nodos flexibles

3.1.2. Nodos rígidos

3.1.3. Nodos poco rígidos

3.2. Reacciones acopladas

4. Ingeniería de expresión de genes

4.1. Sobreexpresión de genes

4.1.1. Bloquear o inhibir

4.1.1.1. Recombinasas

4.1.1.2. Transposasas

4.1.2. Microorganismo huésped

4.1.2.1. Nativo

4.1.2.2. Heterólogo

4.1.3. Promotores

4.1.3.1. Constitutivo

4.1.3.2. Inducible

4.1.3.3. Sintético

4.1.4. ORI

4.1.5. Integración cromosómica

4.1.6. Regulación de la traducción

4.1.6.1. tRNA adecuado

4.1.6.2. Optimización de codones

4.1.6.3. Optimización de sitios de unión ribosomal

4.1.6.4. Terminador fuerte

4.2. Proceso

4.2.1. Elegir MO y estudiarlo

4.2.2. Analizar elementos involucrados en la sobreexpresión de genes

4.2.3. Seleccionar cambios

4.2.4. Esquematizar ruta

4.2.5. Definir reactantes (requeridos, permitidos y excluidos)

4.2.6. Definir herramientras tecnológicas de análisis

5. Biocatálisis

5.1. Mejorar la afinidad y habilidad para catalizar un sustrato

5.1.1. Seleccionar la enzima

5.1.2. Analizar la expresión funcional

5.1.3. Caracterizar la enzima

5.2. Enzima ideal

5.2.1. Especificidad

5.2.2. Estabilidad

5.2.3. Eficiencia catalítica

5.2.4. Baja inhibición

5.2.5. Fácil expresión

5.2.6. Fácil de purificar

5.3. Modelado para la satisfacción de restricciones espaciales

5.3.1. Aspectos a considerar

5.3.1.1. Secuencia homóloga ya estudiada

5.3.1.2. Bucles

5.3.1.3. Presencia de cofactores, sustratos acoplados, otras subunidades

5.3.1.4. Peptidoseñales

5.3.2. Interpretación de dockings

5.3.2.1. Score, energía del estado (entre más bajo, mejor)

5.3.2.2. Distancia (Ä)

5.3.2.3. Orientación

5.3.2.4. Número de acoplamientos exitosos

5.3.3. Herramientas

5.3.3.1. PyMOL

5.3.3.2. Autodock

6. Análisis de flujos metabólicos

6.1. Resolución de sistemas determinados a partir de modelos en sistemas pseudoestacionarios F= reacciones - metabolitos = determinaciones necesarias