1. Biodegradación
1.1. Reducción biológicamente catalizada de la complejidad de los compuestos químicos (Alexander, 1994)
1.1.1. Crecimiento: contaminantes orgánicos se utilizan como única fuente de carbono y energía.
1.1.1.1. Mineralización de contaminantes
1.2. Co-metabolismo: metabolismo de un compuesto orgánico en presencia de un sustrato de crecimiento utilizado como fuente primaria de carbono y energía.
1.3. Los compuestos químicos deben ser accesibles para los microorganismos con dicha capacidad (ej. biosulfactantes)
2. Biodegradación aeróbia
2.1. Proceso oxidativo intracelular. Reacción catalizada por oxigenasas y peroxidasas.
2.2. Vías de degradación periférica convierten contaminantes en metabolitos intermediarios del metabolismo central (Ej. ciclo de ácido tricarboxílico)
2.3. Biosíntesis de biomasa celular a partir de precursores (Ej. Acetil Co-A, succinato, piruvato)
3. Determinantes del proceso de degradación
3.1. Tipo y características del microorganismo
3.1.1. Hongos: Un solo sistema oxidativo con enzimas ligninolíticas extracelulares, peroxidasas y lacasas
3.1.2. Microorganismos quimiorganótrofos
3.1.3. La versatilidad y adaptabilidad bacteriana basada en la existencia de plásmidos catabólicos
3.1.4. Bacterias gram negativas del suelo poseen plásmidos degradativos TOL
3.2. Factores ambientales como temperatura, pH, fuentes de nitrógeno y fósforo.
4. Biorremediación
4.1. Dependiente de
4.2. Factores bióticos
4.2.1. Requerimientos propios del microorganismo que pueden limitar o favorecer la capacidad metabólica y su adaptabilidad
4.2.1.1. Suelo: Dispersión de oxígeno y concentración celular hasta 10^6 UFC/g
4.2.1.1.1. Nutrientes: Macro y micronutrientes, relación C/N/P 100:10:1
4.3. Factores abióticos
4.3.1. pH, humedad, temperatura, disponibilidad de nutrientes
4.3.1.1. pH: Óptimo 6-8
4.3.1.1.1. Humedad: Óptimo 30-75 %
5. Biodegradación anaerobia
5.1. Deshalogenación reductora (reduce el grado de cloración). Catalizada por mono y dioxigenasas. El sustituyente halógeno se reemplaza por oxígeno.
5.1.1. Hace al contaminante mas accesible a mineralización por bacterias aerobias.
5.2. Determinantes
5.2.1. Físicos: accesibilidad del contaminante
5.2.2. Químicos: estructura y concentración
5.2.3. Biológicos: presencia de población microbiana potencialmente activa.