UNIDAD II BIOINFORMATICA

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UNIDAD II BIOINFORMATICA por Mind Map: UNIDAD II BIOINFORMATICA

1. Operador booleano: Son una herramienta que permite, de manera lógica y matemática, obtener resultados precisos y mejores de una búsqueda en particular, evitando así la redundancia

2. NCBI

2.1. Ofrece servicios y herramientas gratuitas

2.1.1. Búsqueda y descarga de genomas en diferentes formatos; FASTA, GenBank

3. Algoritmos de alineamiento múltiple

3.1. Función de puntaje

3.1.1. Exhaustivo: Concepto de fuerza bruta

3.1.1.1. Heurístico (todos): Descarta el encontrar soluciones óptimas debido a la dificultad que ello conlleva en aras de encontrar soluciones suficientemente satisfactorias

3.1.1.1.1. Alineamientos progresivos, herativos

4. Matrices

4.1. PAM: Mutación Puntual Aceptada y que su valor representa la probabilidad de llevar a cabo una mutación puntual de un aminoácido por otro

4.1.1. BLOSUM o Matriz de Sustitución de Bloques de aminoácidos y que también representan la probabilidad de cambios de un aminoácido pero a partir de bloques de 3 nucleótidos (Codones)

4.1.1.1. con un número elevado se utilizan comúnmente para comparar secuencias convergentes (BLOSUM 80 o 90 ) y BLOSUM con un número bajo para relacionar secuencias divergentes (BLOSUM 45 o 30), comúnmente se utiliza la matriz BLOSUM 62 por poseer un parentesco medio

5. Métodos para conocer el mejor alineamiento

5.1. 1) Menor número de missmatches (incoincidencias}

5.1.1. 2) Reducir el número de huecos

5.1.1.1. 3) Reducir el número de huecos y missmatches

5.1.1.1.1. 4) Mover 1 base o un hueco

6. ¿Por qué realizar alineamientos?

6.1. Para comparar patrones: secuencias, nt, aa

6.1.1. Nos da información: Local (sitio activo) o global, información estructural

7. Secuencias biológicas Se comparan para evaluar función

7.1. Ortólogo: MIsma función, diferente organismo

7.1.1. Parálogo: Diferente función, mismo organismo

7.1.1.1. La homología es cuantitativa, es o no es.

7.1.1.1.1. La similitud es un grado de parentesco y si es cuantificable (%)

8. Alineamiento de secuencias biológicas

8.1. Nucleotidos, aminoácidos y proteínas

8.1.1. Lenguaje, diversidad

8.1.1.1. Diversidad: Evolución, adaptación

8.1.1.1.1. Homología: Comparten ancestro y función en común

9. Alineamiento iterativo va mejorando; posibilidad de secuencias

9.1. Alineamiento, árbol guía, Iterativo, (acomodo y reacomodo)

9.1.1. Alineamiento basado en bloques; lejanas (global)