1. Microbianos
1.1. Listeria monocytogenes
1.1.1. Patógeno-emergente, factor de riesgo a mediano plazo. Contamina vegetales crudos, específicamente ensaladas con lo cual el número de los casos es mayor.
1.2. Campylobacter jejuni
1.2.1. Bacteria que causa diarrea aguda o gastroenteritis. Frecuente en la población rural infantil. Diarrea aguda asociada con prácticas inapropiadas de lactancia materna.
1.3. Clostridium perfringens
1.3.1. Bacteria común en suelo. Sintetiza en los alimentos una enterotoxina que provoca dolor abdominal y diarrea. Considerado como una posible arma biológica
1.4. Escherichia coli 0157:7
1.4.1. bacteria habitante normal en el intestino humano, indicador de la calidad microbiológica de agua y alimentos. Se han reportado severas diarreas que provocan la muerte si no es tratado.
1.5. Salmonella spp.
1.5.1. Contamina agua y alimentos, provoca infección aguda gastrointestinal con: fiebre, vómito, diarrea y deshidratación severa. Su detección en alimentos indica ausencia de calidad sanitaria en la elaboración, manejo y consumo de alimentos
1.6. Sthapylococcus aureus
1.6.1. Bacteria que contamina alimentos manipulados sin higiene, proviene de la piel humana, de heridas infectadas, de esputos de quien padece amigdalitis. La bacteria sintetiza una enterotoxina que provoca dolor de cabeza, abdominal agudo, vómito y diarrea.
1.7. Toxoplasma gondii
1.7.1. Protozoario transmitido por 10-15 % de los gatos domésticos, portadores asintomáticos de la toxoplasmosis. Padecimiento que afecta mas a las personas embarazadas, enfermos de sida y personas inmunodeprimidas. El protozoario se excreta en las heces del gato, que pueden contaminar carne cruda o poco cocida, vegetales y frutas. En los que ocasiona un problema neurológico.
2. Físicos
2.1. Suelo, el polvo, la madera, el vidrio, que por un inadecuado manejo contaminan alimentos y son causa o transmisores de enfermedades de tipo gastrointestinal
3. Químicos
3.1. Metales
3.1.1. Alimentos y bebidas se contaminan con metales durante el proceso de su elaboración y consumo.
3.1.2. El plomo, antimonio, zinc, cobre, cromo, hierro, estaño, mercurio, cadmio, arsénico y metaloides causan, el "efecto oligodinámico". Consiste en la desnaturalización de proteínas, provocando trastornos de la funciones básicas para la vida, a nivel de la respiración y las actividades cerebrales, al igual que aquellos problemas de salud asociado con el cáncer, y un efecto del tipo teratogénesis o malformación congénita.
3.2. Hidrocarburos
3.2.1. Cloruro de polivinilo (PVC), se reporta como posible causante de cáncer, si se inhala o ingiere al igual que el estireno.
3.3. Pesticidas
3.3.1. Organoclorados (10), como el Dicloro Difenil Tricloroetano (DDT), Benomyl-thiabendazole entre otros muchos mas. Deben ser medidos en alimentos y bebidas para que esten por debajo de la tolerancia legal permitida.
3.4. Antibióticos
3.4.1. Su actividad ocasiona un cambio drástico en la microbiota benéfica intestinal de quienes los consumen, al mismo tiempo que los predisponen a otros problemas de salud. Pueden provocar la selección de resistencia microbiana.
3.5. Aflatoxinas
3.5.1. Los granos y semillas para la elaboración de harinas y otras bebidas pueden contaminarse con metabolitos sintetizados por hongos del tipo: Aspergillus flavus que almacenados en condiciones de humedad, permiten su crecimiento y la síntesis de aflatoxinas, sustancias altamente tóxicas para órganos humanos vitales: el hígado, riñones y que se relacionan con teratogénesis y posiblemente cáncer en el sistema digestivo