1.1. Anatomía comparada: observar similitudes y diferencias entre sus estructuras.
1.2. Estructuras homólogas: son las que tienen un ancestro en común por lo tanto son similares, aunque su función sea diferente
1.3. Estructuras análogas: son las que no tienen un ancestro en común por lo tanto son diferentes pero su función es similar
1.4. Embriología comparada: nos permite observar las semejanzas en el desarrollo de los embriones de los vertebrados superiores.
1.5. Bioquímica comparada: se usa para encontrar similitudes o diferencias entre especies en cuestión de hormonas y enzimas. El código genético es el mismo para todos los organismos.
1.6. Análisis molecular del ADN: de especies ya extintas, muestra las relaciones evolutivas de éstas.
1.7. Biogeografía: estudia la distribución y evolución de las especies en la Tierra.
2. Pruebas de la sistemática.
2.1. Árboles filogenéticos: esquemas de relaciones evolutivas.
2.2. si las similitudes son grandes, comparten un ante pasado común
3. Pruebas directas de la evolución
3.1. Permineralización: las pertes de un organismo son reemplazadas molecula por molecula por minerales.
3.2. Improntas: se forman cuando un organismo se descompone en arcilla dejando un sello de dos dimensiones
3.3. Momificación e inclusión: ocurre cuando los seres vivos no se descomponen totalmente y logran conservarse has nuestros días.
3.4. Moldes: en algunas ocasiones los restos orgánicos son cubiertos por en suelo, dejando un molde perfecto en la roca que lo confina.