AULA 9 e 10

1. Método de Neighbor joiningituição

1.1. A partir da distancia entre os diversos pontos (genes ou proteínas) de uma árvore filogenética são buscados vizinhos

2. Número de árvores

3. Modelos de substituição

3.1. Felsan 81

3.1.1. A≠T≠C≠G

3.1.2. β < α

3.1.3. β = Taxa de troca de purina por pirimidina

3.1.4. α = Taxa d troca entre purina ou entre pirimidinas

3.1.5. Como o programa entende que troca entre purinas ou entre pirimidinas é mais frequente e ocorre mais reparo, logo α está mais presente

3.2. HKY

3.2.1. Contempla a mencionada taxa entre transições e transversões, bem como leva em consideração a frequência de ocorrência de cada uma das bases nas sequências.

4. Qual modelo usar?

4.1. Fazer varredura de qual modelo lê melhor sua sequência