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Découvrir Docear by Mind Map: Découvrir Docear
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Découvrir Docear

Présentation

Qu'est-ce que Docear ?

une suite logicielle pour la littérature académique, Bibliothèque numérique, Gestion de PDF, Gestion de références bibliographiques, Mind mapping, Gestion de fichiers

intégration de plusieurs outils sur une seule interface, pour la recherche de documents, pour la gestion de documents, pour la création de documents

Quelles origines ?

SciPlore MindMapping, créé par deux doctorants, Bela Gipp, Jöran Beel

Lancement du projet Docear en décembre 2011, Equipe de 4 personnes, Bela Gipp, Jöran Beel, Stefan Langer, Marcel Genzmehr

Projet décrit dans un texte, "Docear : An Academic Literature Suite for Searching, Organizing and Creating Academic Literature"

Quels acteurs ?

Financé par le Ministère allemand de l'économie, German Federal Ministry of Technology

Nombreux soutiens, Université de Magdeburg, Allemagne, Université de Californie de Berkeley, Voir sur le site de Docear

Quelles technologies ?

basé sur FreePlane et Jabref, Sans titre, http://freeplane.sourceforge.net/

interopérable avec, Mendeley, Word, Adobe Acrobat, ...

Quel type d'outil ?

application en open source

gratuit

en local, outil à télécharger à partir du site, mais possibilité de charger des cartes en ligne

en anglais

Quelle version ?

version actuelle : Docear 1.1.0, avril 2014, compatible Windows, Mac, Linux

19 versions depuis décembre 2011

Principales fonctionnalités

Mind mapping

basé sur FreePlane

création, gestion de cartes heuristiques

import, export, différentes fonctionnalités de mind mapping

Gestion de PDF

gestion de fichiers PDF

Gestion des annotations

import et recherche des annotations PDF, passages surlignés, notes..., annotations au coeur du concept de Docear

Gestion de références bibliographiques

intégration de Jabref

import de fichiers Bibtex

extraction de métadonnées des PDF

Recherche dans une bibliothèque numérique

base de données de plus de 3 millions d'articles académiques

système de recommandations automatiques, à partir de mots-clés

Premiers pas, paramétrages

Installation de Docear

choisir le type d'installation, S'enregistrer sur Docear, pour recevoir les notifications..., stocker des cartes en ligne, bénéficier des Recommandations, ..., ou installer en Local User

décider l'emplacement de stockage, par défaut, dans C://user/admin/Docear/projects/MyThesis

Terminologie de Docear

Project, un travail particulier ou un ensemble de travaux particuliers, un travail particulier ou un ensemble de travaux particuliers, librement choisi, Project par défaut, MyThesis, Pour créer des projets, menu Project

Local workspace, contient les collections, de ressources, de références, de projets, espace de travail local

Literature & Annotations, carte heuristique pour organiser ses PDF et annotations

Incoming, carte heuristique automatique des PDF, références, annotations, bookmarks, contient tous les PDF, peut être réactualisée, icône de rafraichissement, désormais intégrée dans Literature & Annotations

Décodage de l'interface

4 parties de l'interface, barre des menus, tous les menus de fonctionnalités, en haut, L'espace de travail local, local workspace, à gauche de l'écran, ouvrir en cliquant sur la flèche, Partie centrale : les mind map, pour créer, lire des mind maps, pour avoir plus d'espace, fermer le Local workspace et le gestionnaire de références, La gestion des références, à droite de l'écran

Exercice 1, Se repérer sur l'interface, explorer la barre des menus, ouvrir et fermer le Local worspace, ouvrir et fermer le gestionnaire de références

Paramétrages

Tools and settings, Préférences

choisir la langue de l'interface, Préférences, Environnement, Langue

Choisir l'éditeur PDF, Important d'avoir un lecteur PDF compatible avec Docear, Recommandé :, PDF-X Change Viewer, Préférences, PDF Management, Use compatible PDF viewer, Choose from installed compatible PDF viewer, Choisir PDF-XChange Viewer, Sur PDF-XChange, Edition, Préférences, Commentaires, "Options de fabrication de commentaires", cocher les deux cases, Copier le texte entouré...., Copier le texte sélectionné...

Exercice 2, Vérifier les paramétrages sur l'éditeur PDF, sur Docear, sur PDF-XChange

Gérer les projets

Principes

Un Projet = un répertoire, contiend tous les documents d'un projet, cartes, PDF, annotations, références

Un travail particulier ou un ensemble de travaux, par ex. Ma thèse, Mes articles

Projets accessibles dans Local Workspace

Dans chaque projet, 5 dossiers

Library, contient 3 types de cartes, Literature & Annotations, carte pour organiser les liens vers les PDF et les annotations, Incoming, fonction de récupération automatique des PDF, références, annotations, bookmarks, contient tous les PDF, peut être réactualisée, icône de rafraichissement, Temp, carte temporaire, pour stocker les PDF et annotations, avant de les placer dans, Trash, corbeille temporaire des maps

My drafts, My New Paper, modèle de carte pour commencer un article

Literature Repository, liens vers les documents PDF, contient toute la bibliothèque de documents, possibilité d'ajouter, des sous-dossiers

References

My files, pour ajouter un fichier de carte heuristique, créer un sous-répertoire

Exercice 3

Créer un Projet, Dans Menu Project, New Project, Dans la fenêtre qui s'ouvre, aller dans Start from Scratch, Remplir la case Name project, par ex. : StageUrfist, Bien repérer le chemin sur le disque, Dans Local workspace, Explorer les 5 dossiers créés

Ressources

Le site Docear

Page Wikipedia (en anglais)

"Une mind map pour vos références bibliographiques", ThotCursus

"Gérez vos citations ou extraits de pages Web avec Docear...", Pierre Mongin, 26 mars 2012

Les recommandations

Fondées sur la bibliothèque numérique de Docear

Condition : être enregistré sur Docear

dans menu Tools and settings, Préférences, Online services, Docear account, Register and settings, se créer un identifiant et un mot de passe

Pour accéder aux recommandations

Show Recommandations

Intégrer des références bibliographiques

Exercice 9

Intégrer des références bibliographiques, à partir d'un PDF, sur le Reference manager, à partir de votre bibliothèque Zotero

A partir d'un LGR (Zotero, Mendeley...)

LGR : Logiciel de Gestion de Références  

export en format bibtex

Dans Zotero, exporter une collection

Dans Docear, déclarer la collection, aller dans le projet concerné, Dossier References, clic droit, Change reference database, choisir le répertoire où a été sauvegardé la collection, après validation, les références doivent s'afficher dans le Reference Manager (partie droite de l'écran)

A partir du Reference manager

Possibilité de créer une nouvelle entrée, icône, choisir le type de document, remplir les différents champs

Possibilité de joindre le fichier, onglet General, champ File

Intégrer la référence et le PDF dans Literature & Annotations, créer un noeud du nom du document, cliquer sur Add existing reference, la référence bibliographique vient s'afficher, le fichier PDF est également chargé sur la carte...

A partir d'un document PDF

Dans la carte Literature & Annotations d'un projet, sélectionner le noeud correspondant au PDF, Dans le Menu References, Create ou update reference, Trois possibilités, Créer la référence manuellement, Utiliser la recherche sur Google Scholar, par titre, par nom de fichier, Récupérer les métadonnées du document, Pour afficher ou masquer les références, Afficher tous les attributs, Masquer tous les attributs

Annoter et gérer les PDF

Gérer les PDF et les annotations

Dans la carte Literature & Annotations du projet

Importer les annotations, Mettre à jour la carte en cliquant sur l'icône de rafraichissement, les passages surlignés doivent apparaître, en noeuds fils du fichier PDF, vérifier si les liens fonctionnent, Attention : avec Adobe Reader, nécessité de fermer et rouvrir le document pour chaque lien, cliquer sur le lien vers une annotation

Reclasser les PDF et les annotations, Dans Literature & Annotations, sélectionner le noeud principal d'un PDF, copier le noeud avec toutes ses annotations, ouvrir Temp, coller dans une autre carte, renommer, réorganiser, compléter..., les annotations, les PDF

Exercice 8, Rechercher et gérer les annotations, Mettre à jour les annotations sur la carte Literature & Annotations, retrouver un passage surligné, réorganiser les annotations, sur le dossier Temp, mettre en forme les noeuds

Annoter un document PDF

Marche à suivre, Sur PDF-XChange, Ouvrir un fichier PDF, Pour surligner et annoter des passages, dans la barre de menus : Outils, Outils de commentaires et Annotations, Outil Surligneur, Enregistrer le PDF, Fermer le PDF

Exercice 7, Annoter un PDF, Sur un PDF de votre dossier, annoter et surligner plusieurs passages

Importer des PDF

2 possibilités, Soit importer tout un dossier, via Docear, Choisir le projet concerné ou en créer un nouveau, Sur le disque dur, regrouper les PDF à importer dans un ou plusieurs dossiers, selon les sujets, les projets..., Ajouter le dossier de PDF dans Literature repository, dans le Projet choisi, Literature repository, bouton droit, Add literature repository, sélectionner le répertoire voulu, valider par Open, Le répertoire doit apparaître sous Literature repository, avec tous les PDF, Soit importer des fichiers, via le gestionnaire de fichiers, Copier-coller le fichier dans le dossier du projet, sur le gestionnaire de fichiers, aller dans le dossier du projet, Par ex. : C:\Users\admin\Docear\projects\Stage Urfist, sur Docear, le fichier doit apparaître à la fois :, sous Literature repository, et sous My files

Importer les fichiers sur la carte Literature & Annotations, dans le projet choisi, Literature & Annotations, ouvrir la carte par un double clic, clic sur l'icône de rafraichissement, tous les fichiers PDF doivent apparaître, derrière le noeud Incoming

Exercice 6, Importer des PDF, créer un dossier Documents Stage, chercher sur le web des fichiers PDF sur votre thématique de recherche, les télécharger, dans le dossier créé, créer un dossier dans le projet StageUrfist, importer ces PDF dans ce dossier

Organiser sa documentation

Préparer la carte Literature & Annotations, Pour chaque projet, organiser la documentation utilisée, création de noeuds sur des thématiques, uniquement PDF

Exercice 5, Organiser la carte Literature & Annotations, Dans la map "Literature & Annotations" du projet, Créer quelques catégories, sur des centres d'intérêt, des thématiques...

Créer, gérer une carte heuristique

Exercice 4

créer une carte heuristique, sur le thème de votre choix

créer des branches, des sous-branches

enregistrer la carte dans le Projet Stage

mettre en forme les noeuds

exporter la carte

Exporter une carte avec les notes

Choisir l'export sous Open Office

Créer, gérer les noeuds

Gestion des noeuds, Créer un nouveau noeud, Par touches clavier, touche Insert, touche Entrée, même niveau hiérarchique, ou par le Menu Nodes, Noeud fils, Noeud frère, Noeud père, Noeud synthèse, Noeud libre, Supprimer un noeud, aller sur le noeud, touche Suppr., Attention !, un noeud supprimé =, suppression de tous les noeuds fils, Déplacer un noeud, Sélectionner le noeud, au niveau inférieur, Ctrl + flèche bas, au niveau supérieur, Ctrl + flèche haut, dans une autre hiérarchie, soit par copier-coller, soit par glisser-déplacer

La mise en forme, d'un noeud, clic droit pour ouvrir le menu contextuel, Modifier le noeud en texte riche, éditeur texte riche, ou Menu Formatting, gestion des polices, des tailles, des couleurs..., Noeud clignotant, 2ème icône à partir de la droite, des liens, Menu Formatting, Style de ligne, Couleur de ligne, Epaisseur de ligne

Les nuages, créer un nuage, clic droit pour ouvrir le menu contextuel, Ajouter un nuage..., ou Menu Resources, Cloud, Ajouter un nuage, modifier un nuage (forme, couleur), Menu Resources, Cloud, Cloud shapes, supprimer un nuage, dans le menu contextuel, décocher Ajouter un nuage

Créer une map

Menu Home, Nouvelle carte, Choisir un projet, Par défaut, le dernier projet créé, Valider par Use selected project, donner un nom à la carte, Enregistrer sous, soit dans le projet, soit dans n'importe quel dossier, Enregistrer

Crédits

Alexandre Serres

URFIST de Rennes

Stage URFIST de Rennes, 04 novembre 2014, "Découvrir Docear, une suite de littérature académique pour les chercheurs"

carte sous Creative Commons

BY-NC-SA