1. Virus
1.1. RNA
1.1.1. orthomyxoviridae
1.1.1.1. influenza
1.1.1.1.1. A
1.1.1.1.2. B
1.1.1.1.3. C
1.1.2. Paramyxoviridae
1.1.2.1. RSV
1.1.2.2. measles
1.1.2.3. mumps
1.1.2.4. Human parainfluenza virus
1.1.2.5. nipah
1.1.2.6. hendra
1.1.3. Piconaviridae
1.1.3.1. enterovirus
1.1.3.1.1. poliovirus
1.1.3.1.2. Coxsackie
1.1.3.1.3. Echovirus
1.1.3.1.4. parechovirus
1.1.3.1.5. enterovirus 68,69,70,71
1.1.3.2. Rhinovirus
1.1.4. Coronaviridae
1.1.4.1. 229E
1.1.4.2. OC43
1.1.4.3. SARS-CoV
1.1.4.4. NL63
1.1.4.5. MERS-CoV
1.1.5. Reoviridae
1.1.5.1. Reovirus
1.1.5.2. Rotavirus
1.1.6. Retroviridae
1.1.6.1. oncovirus
1.1.6.1.1. Human T Lymphotrophic Virus 1 (HTLV1)
1.1.6.1.2. Human T Lymphotrophic Virus 2 (HTLV2)
1.1.6.2. Lentivirus
1.1.6.2.1. HIV 1
1.1.6.2.2. HIV 2
1.1.6.3. Spumavirus
1.1.7. Togaviridae
1.1.7.1. Alphavirus
1.1.7.1.1. Sindbis
1.1.7.1.2. Venezuelan equine encephalitis (VEE)
1.1.7.1.3. Eastern equine encephalitis (EEE)
1.1.7.1.4. Western Equine Encephalitis (WEE)
1.1.7.1.5. Chikungunya
1.1.7.2. Rubivirus
1.1.7.2.1. Rubella
1.1.8. Flaviviridae
1.1.8.1. Dengue
1.1.8.2. Yellow fever
1.1.8.3. Japanese encephalitis
1.1.8.4. West Nile encephalitis
1.1.8.5. St.Louis encephalitis
1.1.9. Rhabdoviridae
1.1.9.1. Rabies
1.1.10. Ebola virus
1.2. Prion
1.3. DNA
1.3.1. enveloped
1.3.1.1. Herpes
1.3.1.1.1. Herpes Simplex virus (HSV)
1.3.1.2. Varicella-zoster virus
1.3.1.3. CMV
1.3.1.4. Epstein-Barr virus (EBV)
1.3.1.5. HHV
1.3.1.5.1. 6
1.3.1.5.2. 8
1.3.1.6. Hepatitis
1.3.1.6.1. A
1.3.1.6.2. B
1.3.1.6.3. C
1.3.1.6.4. D
1.3.1.6.5. E
1.3.2. naked
1.3.2.1. Parvoviridae
1.3.2.2. Papovaviridae
1.3.2.2.1. Human Papillomavirus (HPV)
1.3.2.3. Adenovirus
2. Fungi
2.1. superficial
2.1.1. Malassezia furfur
2.1.2. Exophiala werneckii
2.1.3. Trichosporon beigelli
2.1.4. Piedraia hortae
2.2. cutaneous
2.2.1. dermatophtes
2.2.1.1. Microsporum
2.2.1.2. Trichophyton
2.2.1.3. Epidermophyton
2.2.2. Candida
2.2.2.1. albicans
2.3. subcutaneous
2.3.1. Sporotrichosis
2.3.2. Chromomycosis
2.3.3. Phaeohyphomycosis
2.3.4. Mycetoma
2.3.5. Zygomycoses
2.4. oppotunistic
2.4.1. Candida
2.4.1.1. albicans
2.4.1.2. tropicalis
2.4.1.3. parasilopsis
2.4.1.4. glabrata
2.4.1.5. krusei
2.4.2. Aspergillus
2.4.2.1. fumigatus
2.4.2.2. flavus
2.4.2.3. nidulans
2.4.2.4. niger
2.4.2.5. terreus
2.4.3. Cryptococcus neoformans
2.4.4. Penicillium marneffei
2.4.5. Histoplasma capsulatum
2.4.6. Zygomycosis
2.4.6.1. Rhizopus
2.4.6.2. Mucor
2.4.6.3. Absidia
2.4.6.4. Rhizomucor
2.4.7. Hyalophyphomycosis
2.4.7.1. Fusarium
2.4.7.2. Scedosporium (Pseudolescheria)
2.4.7.3. Paecilomyces
2.4.8. Pneumocystis jirovecii
3. Bacteria
3.1. gram +
3.1.1. cocci
3.1.1.1. staphylococcus
3.1.1.1.1. aureus
3.1.1.1.2. epidermidis
3.1.1.2. streptococcus
3.1.1.2.1. pyogenes
3.1.1.2.2. agalactiae
3.1.1.2.3. pneumoniae
3.1.1.2.4. viridans
3.1.1.3. enterococcus
3.1.2. bacilli
3.1.2.1. aerobic
3.1.2.1.1. bacillus
3.1.2.1.2. corynebacterium
3.1.2.1.3. listeria
3.1.2.2. anaerobic
3.1.2.2.1. clostridium
3.2. gram -
3.2.1. cocci
3.2.1.1. neisseria
3.2.1.1.1. meningtidis
3.2.1.1.2. gonorrhoeae
3.2.2. bacilli
3.2.2.1. entero
3.2.2.1.1. escherichia
3.2.2.1.2. salmonella
3.2.2.1.3. shigella
3.2.2.1.4. klebsiella pneumoniae
3.2.2.1.5. proteus mirabilis
3.2.2.1.6. yersinia
3.2.2.2. vibrio cholera
3.2.2.3. campylobacter jejuni
3.2.2.4. helicobacter pylori
3.2.2.5. pseudomonas aeruginosa
3.2.2.6. burkholderia pseudomallei
3.2.2.7. bordetella pertussis
3.2.2.8. haemophilus
3.2.2.8.1. influenzae
3.2.2.8.2. ducreyi
3.2.2.9. legionella pneumophila
3.3. atypical
3.3.1. mycobacterium
3.3.1.1. tuberculosis
3.3.1.2. leprae
3.3.1.3. atypical (MOTT)
3.3.2. spirochetes
3.3.2.1. treponema
3.3.2.1.1. pallidum
3.3.2.1.2. carateum
3.3.2.2. borrelia
3.3.2.2.1. burgdorferi
3.3.2.2.2. recurrentis
3.3.2.2.3. other sp.
3.3.2.3. leptospira
3.3.2.3.1. interrogans
3.3.3. nocardia
3.3.4. mycoplasma
3.3.4.1. pneumoniae
3.3.4.2. hominis
3.3.5. chlamydiae
3.3.5.1. pneumoniae
3.3.5.2. psittaci
3.3.5.3. trachomatis
3.3.6. rickettsiae
3.3.6.1. prowazekii
3.3.6.2. typhi
3.3.6.3. tsutsugamushi
3.3.7. coxiella burnetti