Clonal evolution
저자: MM Workstation
1. COORTE
1.1. Selezione CAMPIONI VALIDI per QUALITA' ESPERIMENTI - SNP - Mutazioni
1.1.1. Selezione PAZIENTI VALIDI per qualità ACCOPPIAMENTO: - entrambe le fasi valutabili
2. "DATO_GENOMICO_pazienti_validi_CE_SP"
3. COPY NUMBER
3.1. segmenti Rawcopy
3.1.1. FOCAL
3.1.1.1. GISTIC
3.1.1.1.1. DEFINIZIONE: Pannello di geni focali nel MM
3.1.2. BROAD
3.1.2.1. PULIZIA SEGMENTI : - Focal cleaner (1 Mb)
3.1.2.1.1. PAREGGIO SEGMENTI: - Breakpoint detector - Legolizer
4. MUTAZIONI
4.1. Sophia PANEL
4.1.1. MUTECT pipeline
4.1.1.1. Trasformazione VAF in mutCN e CCF
4.1.1.1.1. MUTATION-virtual SKY
5. COMPLETE Virtual-SKY
6. Organizzazione files dati:
6.1. "Elenco_pazienti_reclutati_CE_SP"
6.1.1. "DATI_CAMPIONI_SOPHIAPANEL_validi_CE_SP"
6.1.2. "DATI_CAMPIONI_SNP_validi_CE_SP"
6.1.3. "DATO_CLINICO_pazienti_validi_CE_SP"