1. нехватка качественного сырья для промышленной переработки и низкая доля отечественной продукции глубокой переработки на внутреннем рынке продовольственных товаров
1.1. Ежегодно растут объемы бюджетных средств, выделенных на развитие агропромышленного комплекса — только в 2009 г. из средств республиканского бюджета направлено более 96 млрд. тенге, в том числе 41,3 млрд. — на субсидирование производства (в 2008 г. субсидии составили 40,2 млрд. тенге, в 2007 г. — 21,5 млрд. тенге).
2. низкий уровень привлечения инвестиций в аграрный сектор экономики
2.1. Благодаря инвестиционной политике государства реализуются проекты продовольственного обеспечения и наращивания экспортного потенциала, прежде всего за счет средств институтов АО «Национальный холдинг “КазАгро”».
3. необеспеченность научных организаций современной научной и материально-технической инфраструктурой
3.1. Инновационное развитие АПК означает его качественное преобразование, достигаемое за счет роста производительных сил при одновременном совершенствовании организационноэкономического механизма сельского хозяйства, взаимодействующих с ним отраслей и АПК в целом. Оно обеспечивается постоянно расширяющимся использованием более совершенных технологий производства и переработки сельскохозяйственной продукции, улучшенных сортов сельскохозяйственных культур и пород животных, новых машин, прогрессивных организационно-экономических моделей, современных информационных технологий и других нововведений.
4. ограниченность финансовых ресурсов на проведение научно-исследовательских и опытноконструкторских работ
4.1. АО «Национальный холдинг “КазАгро”» на 01.09.10 г. финансируется реализация 79 крупных проектов на общую стоимость 87,4 млрд. тенге.
5. низкий уровень предпринимательской культуры, основанной на использовании новых технологических решений и инноваций, низкая инновационная активность субъектов АПК
5.1. В отраслях животноводства, рыбного хозяйства продолжены научные работы по созданию новых высокопродуктивных линий (типов), пород сельскохозяйственных животных, рыб и др. Начата реализация проекта крупномасштабной селекции в отрасли скотоводства (мясного и молочного направлений), направленной на увеличение племенного поголовья крупного рогатого скота в животноводческих хозяйствах республики.