1. Se fundamenta en las reglas internacionales de botánica hasta donde son aplicables a la bacteriología.
2. Se caracteriza por no solo ser científica y comprensible si no flexible y práctica a la misma vez.
3. Los nuevos nombres de las especies en su mayoría son descriptivos.
4. Se asignan los nombres mediante el sistema binomial.
4.1. El nombre del microrganismo debe ser latinizado y escribirse en cursiva o subrayado.
4.1.1. Consta de dos partes: género y especie
5. El nombre de especie (epíteto) se escribe siempre con una minúscula (aun que se base en ocasiones de un nombre propio).
5.1. El epíteto de especie mas antiguo de un organismo en particular tiene prioridad y es el que debe utilizarse
6. Pronunciación complicada de las especies.
7. Basada en la tinción de Gram
8. Agrupa las bacterias en un solo reino:
8.1. Procaryotae
8.1.1. Tenericutes
8.1.1.1. Procariotas, sin pared celular
8.1.2. Gracilicutes
8.1.2.1. Procariotas, con pared celular fina, Gram negativas
8.1.3. Firmicutes
8.1.3.1. Procariotas, con pared celular gruesa, Gram positivas
8.1.4. Mendosicutes
8.1.4.1. Procariotas, filogenéticamente anteriores a las divisiones mencionadas como las arqueobacterias
9. Constituido sobre la base de caracteres descriptivos morfológicos y metabólicos.
9.1. Por ejemplo: espiroquetas, cocos y bacilos aerobios Gram negativos así como cocos Gram positivos
10. Las especies no bien descritas definidas sin cepa, tipo, neotipo o de referencia se catalogan:
10.1. species incertae sedis
11. Las especies que no encajan perfectamente en alguna de las familias o secciones se les denomina "genero de afiliación dudosa" u "otros géneros".
12. Las propiedades empleadas para la diferenciación son:
12.1. Características morfológicas, microscópicas, morfología de las colonias y pigmentación, condiciones de crecimiento y nutrición, fisiología y metabolismo, características genéticas, plásmidos y bacteriófagos, estructura antigénica, patogenicidad y ecología.
13. Características clásicas (clasificación e identificación)
13.1. Morfológicas
13.1.1. Forma célula, tamaño, estructura interna (inclusiones, esporas), estructura externa (capsulas, flagelos, fimbrias), comportamiento ante tinciones, características de las colonias, movilidad.
13.2. Fisiológicas
13.2.1. Fuentes de C o N utilizadas, componentes de la pared celular, Productos de fermentación, tipo nutricional, temperatura de crecimiento, luminiscencia, pH óptimo, tolerancia osmótica, metabolitos secundarios formados, sensibilidad a inhibidores, inclusiones de almacén.
13.3. Ecológicas
13.3.1. Patrón de ciclo vital, relaciones simbióticas, preferencias de hábitat.
14. La primera letra del género se escribe siempre con mayúscula.
15. Sistemas de clasificación
15.1. Sistema fenético
15.1.1. Los organismos pueden agruparse en función de similitudes globales.
15.2. Sistema filogenético
15.2.1. Los organismos puede agruparse en función de probables relaciones evolutivas.
15.3. Clasificación natural
15.3.1. Estructura los organismos en grupos cuyos miembros comparten muchas características y refleja la naturaleza biológica.
15.3.1.1. Es el sistema de clasificación mas sencillo.
16. Sistemas de identificación
16.1. Las bacterias solo pueden identificarse por lo que hacen a nivel bioquímico y no solo por su fenotipo.
17. Categorías taxonómicas
17.1. Dominio
17.2. Phylum o Reino
17.3. Clase (subclase)
17.4. Orden (suborden)
17.5. Familia (tribu)
17.6. Género (subgénero)
17.6.1. Grupo bien definido de una o mas especies que está claramente separados de otros géneros.
17.7. Especie (subespecie)
17.7.1. Especie bacteriana: Conjunto de cepas que , mostrando entre si un grado elevado de semejanza fenotípica general, difieren en muchas características de otros grupos de cepas relacionados.