1. Parques Nacionales
1.1. Parque Nacional Patuca Parque Nacional Warunta Parque Nacional Cusuco Parque Nacional Celaque Parque Nacional Sandy Bay-West End Parque Nacional Azul Meámbar Parque Nacional Kruta Parque Nacional Pico Bonito Parque Nacional Montaña de Yoro Parque Nacional Montecristo Trifinio Parque Nacional Cerro Azul Copán Parque Nacional Pico Pijol Parque Nacional Sierra de Agalta Parque Nacional La Tigra Parque Nacional Capiro y Calentura Parque Nacional Montaña de Santa Bárbara Parque Nacional Montaña de Comayagua Parque Nacional Jeanette Kawas Parque Nacional La Botija Parque Nacional Punta Izopo Parque Nacional Marino Guanaja Parque Nacional Marino Golfo de Fonseca Parque Nacional Marino Cayos Misquitos
1.2. Bosques Petrificados
1.2.1. Bosque Petrificado Ojo de Agua Bosque Petrificado San Mateo Bosque Petrificado El Sitio
1.3. Cerros
1.3.1. Cerro de Los Tornillos Cerros de Los Cascos Cerro Nevada Cerros Yustina – Ceran
2. Reserva Biológica
2.1. Reserva Biológica Arenal Reserva Biológica El Cipresal Reserva Biológica El Pacayal Reserva Biológica Mico Quemado Reserva Biológica Mogola Reserva Biológica Rus Rus Reserva Biológica Sabanetas Reserva Biológica San Pedro Reserva Biológica San Pablo Reserva Biológica El Pital Reserva Biológica Cerro Volcán Pacayita Reserva Biológica Güisayote Reserva Biológica El Chiflador Reserva Biológica Opalaca Reserva Biológica Misoco Reserva Biológica El Chile Reserva Biológica Yuscarán Reserva Biológica Yerba Buena Reserva Biológica Guajiquiro Reserva Biológica Montecillos Reserva Biológica Uyuca Reserva Biológica Cayos Zapotillos Reserva Biológica Barras del Río Motagua Refugio de Vida Silvestre Laguna de Caratasca Reserva Biológica Entre Ríos Reserva Biológica Monserrat
2.2. Cuevas y Cavernas
2.2.1. Cueva del Gigante Cueva de Warunta Cueva de Pencaligue Cueva de Masical Cueva de Cuyamel Cueva El Boquerón (Copán) Cueva de Piedra Blanca Cueva de El Naranjo Cueva El Sitio Cueva del Cerro Casque o Cosquin
2.3. Cataratas de Pulhapanzak:
2.3.1. Minas de Obsidiana Boquerón Punta Caxina Portal del Infierno Río de los Gigantes Gruta de Ayasta Gruta de Yaguasire
3. Refugio de Vida
3.1. Refugio de Vida Silvestre Turtle Harbour Refugio de Vida Silvestre Cayos de Utila Refugio de Vida Silvestre Port Royal Refugio de Vida Silvestre Santa Elena Refugio de Vida Silvestre Cuero y Salado Refugio de Vida Silvestre Erapuca Refugio de Vida Silvestre Montaña de Puca Refugio de Vida Silvestre Mixcure Refugio de Vida Silvestre Montaña Verde Refugio de Vida Silvestre Texiguat Refugio de Vida Silvestre El Armado Refugio de Vida Silvestre La Muralla Refugio de Vida Silvestre Laguna de Guaimoreto Refugio de Vida Silvestre Corralitos
3.2. Reserva Marina
3.2.1. Reserva Marina Utila Reserva Marina Islas del Cisne
3.3. Zona Productora de Agua
3.3.1. Danlí El Merendón
3.4. Monumentos Naturales
3.4.1. Montaña del Boquerón Río Toco Cerros Congolón y Coyocutena Archipiélago de Cayos Cochinos Cuevas de Talgua Cuevas de Taulabé
3.5. Monumentos Culturales
3.5.1. Ruinas de Tenampúa Petroglifos de Ayasta Ruinas de Copán Fortaleza de San Fernando de Omoa
3.6. Jardín Botánico
3.6.1. Jardín Botánico Lancetilla
4. Reservas de Biósfera
4.1. Río Plátano Tawahka
4.2. Área de Manejo Hábitat/Especie
4.2.1. Área de Manejo Hábitat/Especie Bahía de Chismuyo Área de Manejo Hábitat/Especie Bahía de San Lorenzo Área de Manejo Hábitat/Especie San Bernardo Área de Manejo Hábitat/Especie La Berbería Área de Manejo Hábitat/Especie Las Iguanas - Punta Condega Área de Manejo Hábitat/Especie Los Delgaditos Área de Manejo Hábitat/Especie El Jicarito
4.3. Reservas Forestales
4.3.1. Reserva Forestal de Olancho Reserva Forestal de Agalteca Reserva de Recursos El Cajón Zona Protegida Sierra de Omoa Area de Protección de Agua El Jaconal El Higal
4.4. Culturas Vivas
4.4.1. Chortí Tolupa Garífuna Pech Lenca Tawahka Miskito
4.5. Área de Uso Múltiple
4.5.1. Área de Uso Múltiple Cerro Guanacaure Área de Uso Múltiple Carías Bermúdez Área de Uso Múltiple Lago de Yojoa Área de Uso Múltiple Isla del Tigre
4.6. Reserva Forestal
4.6.1. Guanaja Mocorón Montaña de la Flor (Reserva Forestal Antropológica) Río Tinto