1. Masalah Teologis
1.1. Benih-benih perpecahan ada di dalam gereja
1.1.1. Arius mengajarkan bahwa Anak subordinasi Sang Bapa
1.1.2. Masalah natur Kristus yang memunculkan Konsili Chalcedon, yang hanya diterima oleh Roma dan Konstantinopel, tidak diterima oleh Alexandria dan memisahkan diri
1.1.3. Tahun 453 : terjadi perpecahan antara gereja Barat-Roma dengan gereja Timur Konstantinopel karena gereja Barat secara sepihak menambahkan “dan Anak” terhadap hasil konsili Nicea, Roh Kudus keluar dari Bapa (dan Anak).
2. Masa Reformasi
2.1. Tahun 641: Mesir jatuh ke tangan Islam
2.2. Tahun 1453 : Konstantinopel jatuh ke tangan Usmani. Para sarjana dari Konstantinopel pindah ke Barat
2.3. Bahasa Yunani, menimbulkan minat terhadap penelitian kitab suci
2.4. Mis. Erasmus of Rotterdam: Sadar bahwa praktik gereja tidak sesuai kitab suci
2.5. Martin Luther, 31 Oktober 1517 memprotes praktik gereja yang memperjual belikan indulgensia.
2.6. Gerakan reformasi Reformed
2.6.1. Zurich, Swiss: Terjadi reformasi gereja oleh Zwingli , diteruskan oleh Heinrich Bullinger
2.6.2. Jenewa, Swiss: Ada lagi gerakan lain oleh William Farel dibantu oleh John Calvin
2.6.3. Kedua gerakan ini memiliki relasi dengan salah satu gerakan reformasi di Jerman Selatan oleh Martin Bucer
2.7. Philipp Landgrave of Hesse mencoba menyatukan Luther dan Reformed namun gagal
3. Aliran Lain
3.1. Methodisme
3.2. Old Pentacostalism
3.3. New Evangelicalism
3.4. New Kharismatic Movement
4. Zaman Rasuli
4.1. Gereja tidak lagi dianggap sebagai kelanjutan Yahudi, juga tidak sama dengan kekaisaran romawi dan budayanya. Dianggap sebagai sekte baru
5. Zaman Bapak-bapak Apostolik
5.1. Bapak - bapak apostolik menulis hiburan-hiburan kepada orang-orang yang menderita dengan tulisan di perjanjian baru
5.2. Pusat gereja berada di Roma, Alexandria (Mesir), Romawi Timur-Bizantium (konstantinopel)
6. Zaman Bapak-bapak Apologis
6.1. Pembela gereja awal, sekaligus penulis banyak fondasi teologis ajaran gereja dari ajaran sesat
6.2. Edik Milano, Kaisar Konstantinus mengeluarkan keputusan bahwa agama Kristen adalah agama resmi dalam kekaisaran romawi
7. Reformasi Radikal
7.1. Anabaptis
7.1.1. Tidak setuju dengan pengajaran baptisan anak oleh Zwigli. Mereka mengajarkan baptis kembali
7.1.2. Zwingli menghukum mati kelompok Anabaptis,sehingga sebagian dari mereka melarikan diri ke berbagai negara.
7.1.3. Di Belanda gerakan Anabaptis dikembangkan oleh Menno Simons, yang kemudia melahirkan gerakan Mennonite, di Indonesia dikenal dengan gereja GKMI.
7.2. Anti Trinitarian
7.2.1. Muncul sejak Michael Servetus dieksekusi di Jenewa
7.2.2. Faustus Socinus, yang dipengaruhi oleh pengajaran Servetus, menjadi bapak kelompok Socinian yang mengajarkan Unitarianisme atau anti Trinitarian.