1. PRUEBAS ANATÓMICAS O MORFOLÓGICAS
1.1. ÓRGANOS HOMÓLOGOS
1.1.1. Son aquellos que tienen un mismo origen evolutivo y embrionario, con una estructura interna semejante, fruto de diversas modificaciones adaptativas a distintas hábitats.
1.1.1.1. Esta es una prueba de la Evolución Divergente (Radiación Adaptativa)
1.2. ÓRGANOS ANÁLOGOS
1.2.1. Son aquellos que aunque tienen diferente origen evolutivo, realizan una misma función.
1.2.1.1. Es una prueba de la Evolución Convergente (Convergencia Adaptativa)
1.3. ÓRGANOS VESTIGIALES
1.3.1. Son estructuras que tienden a desaparecer por haber perdido su función.
1.3.1.1. Constituyen una prueba de la evolución a partir de antepasados para los que estos órganos resultaban útiles, sin embargo debido a cambios en sus hábitos de vida o las condiciones ambientales, dejaron de ser necesarios.
2. PRUEBAS FÓSILES
2.1. Revelan que existieron organismos diferentes a los actuales, y por tanto que las especies han cambiado con el tiempo.
2.2. En ocasiones se han encontrados fósiles de épocas distintas, pero pertenecientes a especies emparentadas, en ellos puede apreciarse claramente transformaciones lentas pero progresivas.
2.2.1. Este hecho constituye una valiosa prueba de la evolución, se trata de las llamadas Series Evolutivas algunas bien conocidas como las del caballo.
3. OTRAS PRUEBAS
3.1. Dos especies incluyen su evolución.
3.1.1. MUTUALISMO
3.1.1.1. Dos especies obtienen beneficio mutuo.
3.1.2. PARALISMO
3.1.2.1. Una especie vive a expensas de otra.
3.1.3. MIMETISMO
3.1.3.1. Las especies se parecen al entorno en el que viven.
4. PRUEBAS EMBRIOLÓGICAS
4.1. En 1866 Ernst Haeckel anuncia la Ley Biogenética Fundamental.
4.1.1. "La Ontogenia es una recapitulación de la Filogenia"
4.1.1.1. Es decir, el desarrollo embrionario es la recapitulación de la evolución.