1. Cruzamiento entre individuos de una raza, comunidad o población aislada genéticamente, se caracteriza técnicamente como la condición homocigótica de genes en un determinado sitio (locus) cromosómico. La endogamia causa un efecto perjudicial en las poblaciones de organismos vivos que la presentan.
1.1. CUANTIFICACIÓN DE LA ENDOGAMIA.
1.1.1. Para cuantificar la endogamia, Wright (1921) propuso el coeficiente de endogamia (F), que representa la correlación entre gametos que se unen; es decir, el grado de similitud de los gametos. La probabilidad de que los gametos sean idénticos puede oscilar desde cero (gametos totalmente diferentes entre si) y uno (gametos idénticos).
2. El efecto perjudicial de la endogamia, también llamado “depresión endogámica”, necesariamente tuvo que ser observado por el ser humano, probablemente dentro del mismo grupo al que pertenecía, al descubrir que los hijos (progenie) de parejas emparentadas mostraban anomalías como enanismo, albinismo, hemofilia, etcétera, que se acentuaban a lo largo de las generaciones.
2.1. COANCESTRÍA
2.1.1. Probabilidad de que los genes en un locus de un individuo sean idénticos a los genes de un locus de otro individuo. Por lo tanto, la coancestría entre dos progenitores es igual a la endogamia de su progenie. De hecho, en la práctica, la endogamia de una progenie es igual a la coancestría de sus progenitores. Por ejemplo, si X y Y son los progenitores de Z, entonces rXY = FZ
3. Líneas endogámicas. El apareamiento controlado dentro de varios grupos de una población, en el que los individuos dentro de cada grupo se aparean en la misma forma en cada generación, da lugar a líneas endogámicas. Esto se debe a que, siendo relativamente pequeño el número de individuos en cada línea, a lo largo de las generaciones los individuos van estando cada vez más emparentados, y son por lo tanto más endogámicos.
3.1. En teoría, en generaciones muy avanzadas las líneas son homocigóticas con F = 1, y muestran gran homogeneidad o similitud entre los individuos que las constituyen. En contraposición, las diferentes líneas muestran gran diversidad entre ellas.
3.1.1. La endogamia también sirve para lograr heterosis o vigor híbrido, y en este caso la endogamia es también un mal/bien necesario. Para formar híbridos vigorosos y de alto rendimiento se necesitan líneas altamente endogámicas, a veces de muy bajo rendimiento y aun con defectos que parecen insuperables, pero que al cruzarse muestran también una alta heterosis.