1. Órganos Jurisdiccionales
1.1. Corte Nacional de Justicia
1.1.1. Es el órgano jurisdiccional de mayor jerarquía en la Función Judicial y en todo el país. Funciona como una Corte Suprema y Tribunal de casación, es decir, conoce procesos judiciales de personas con fuero nacional, tiene iniciativa legislativa, generan jurisprudencia obligatoria con sus fallos de triple reiteración, y revisa los recursos de casación sobre temas de legalidad y debido proceso en causas judiciales de cortes, juzgados o tribunales inferiores, así como otros recursos.
1.2. Cortes provinciales de justicia
1.2.1. La estructura de cada corte provincial varía y es regulada por el Consejo de la Judicatura; sin embargo, de manera similar a la Corte Nacional, los jueces provinciales se agrupan en salas especializadas por materia (penal, civil, laboral, entre otros). Las cortes provinciales están integradas por el número de jueces necesarios para atender las causas, según lo resuelva motivadamente el Consejo de la Judicatura. Provendrán de la carrera judicial, el libre ejercicio profesional y la docencia universitaria, de acuerdo a los resultados vinculantes de los concursos de oposición y méritos
1.3. Tribunales y juzgados de primera instancia
1.3.1. Los órganos jurisdiccionales de primer nivel son los juzgados y tribunales comunes en los que se tramitan los procesos judiciales que involucran a personas sin ningún tipo de fuero. De acuerdo a la constitución ecuatoriana de 2008, en cada cantón debe conformarse al menos una unidad judicial. En los cantones de menor población se organizan unidades judiciales multicompetentes, mientras que en los cantones cuyas cabeceras cantonales son grandes ciudades existen unidades judiciales especializadas en cada material (penal, civil y mercantil, laboral, de familia, etc.
1.4. Juzgados de paz
1.4.1. Los jueces de paz deben resolver en equidad y tienen competencia exclusiva y obligatoria para conocer aquellos conflictos individuales, comunitarios, vecinales y contravenciones, que sean sometidos a su jurisdicción, de conformidad con la ley. En ningún caso pueden disponer la privación de la libertad ni prevalecerse sobre la justicia indígena. Deben utilizar mecanismos de conciliación, diálogo, acuerdo amistoso y otros practicados por la comunidad para adoptar sus resoluciones, que garantizarán y respetarán los derechos reconocidos por la Constitución.
1.5. Consejo de la Judicatura
1.5.1. Es el órgano de gobierno, de administración, de vigilancia y disciplinario de la Función Judicial; por lo tanto, sus decisiones regulan la funcionabilidad de las autoridades y servidores públicos de los diversos órganos, así como la fijación de ciertas tasas y reglamentos menores; sin embargo, no tiene facultad jurisdiccional (juzgar o ejecutar lo juzgado), ni de acusación o defensa dentro de un proceso. El Consejo de la Judicatura está integrado por 5 vocales, de entre los cuales escogen un presidente.
1.6. Órganos auxiliares
1.6.1. Son el servicio notarial el Notario es el funcionario público autorizado para dar fe, conforme a las leyes, de los contratos y demás actos extrajudiciales, al que corresponde asimismo la función de asesoramiento en Derecho, como profesional del mismo, los martilladores judiciales son persona encargada por la función judicial para subastar objetos (documentos, electrodomésticos, automóviles, muebles, casas, etc.) con valor comercial como para ser subastados los cuales han sido obtenidos por requisas legales (por ejemplo un decomiso de bienes a narcotraficantes), los depositarios judiciales Persona designada por la justicia o los particular es para asegurar la conservación de un bien que constituye objeto de un proceso o de una vía de ejecución y los demás que determine la ley.
2. Órganos Autónomos
2.1. Fiscalía General del Estado
2.1.1. Es el órgano autónomo de la Función Judicial que ejerce las funciones de ministerio público, es decir, es el encargado de dirigir dentro de las investigaciones previas al proceso penal y las instrucciones fiscales dentro del proceso en los casos de presuntas ejecuciones de delitos o contravenciones, con el objetivo de determinar la participación, culpabilidad, imputabilidad y nexo causal de los denunciados o procesados en los hechos denunciados en base de elementos de convicción (pruebas); y por lo tanto sus tareas primordiales son la formulación de cargos o el desistimiento de las investigaciones en la fase preprocesal; y, la acusación o abstención de acusación en el proceso penal, el cual a su vez es dirigido por el órgano jurisdiccional competente (juez competente en materia penal).
2.2. Defensoría Publica
2.2.1. Bajo el principio constitucional del derecho a la defensa, toda persona necesita a ser patrocinado por un profesional del Derecho (abogados) para que le asista en la defensa de sus derechos e intereses. Los abogados en el libre ejercicio de su profesión manejan independientemente la cotización por sus patrocinios, asesorías, y representaciones; si embargo, las personas de escasos recursos económicos que no puedan costear los gastos de un defensor privado pueden obtener el patrocinio de un defensor público financiado por el Estado.