Ontology for pathology

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Ontology for pathology par Mind Map: Ontology for pathology

1. Items

1.1. Structures

1.1.1. Organites

1.1.2. Cells

1.1.3. Tissues

1.1.4. Organs

1.1.5. Systems

1.2. Anomalies - Lesions

2. Methodology

2.1. Thesaurus

2.1.1. Text

2.1.1.1. PDF

2.1.1.2. Convert to txt

2.1.1.3. Identify concept

2.1.1.4. Store

2.1.2. Annotate

3. Ontology Editor

3.1. WebProtégé

3.1.1. Tutorials

3.1.1.1. Bikakis

3.1.1.1.1. 1

3.1.1.1.2. 2

3.1.1.1.3. 3

3.1.1.1.4. 4

3.1.1.1.5. 5

4. Semantic Web

4.1. Les petites cases

4.1.1. Gautier Poupeau

4.1.1.1. Flickr

4.1.1.2. Ontologie de Harry Potter

5. Teams

5.1. Eq 22 - Anita Burgun

5.2. England

5.3. Peter Robinson

6. Tools

6.1. Python

6.2. Text-mining

7. Biological ontologies

7.1. OBO

7.1.1. GO: Gene Ontology

7.1.1.1. Biological process GO:

7.1.1.2. Cellular component GO:

7.1.1.3. Molecular function GO:

7.1.2. Phenotypes

7.1.2.1. PATO

7.1.2.1.1. Phenote

7.1.2.2. MP Mammalian Phenotype

7.1.2.3. HPO Human Phenotype Ontology

7.1.3. Anatomy

7.1.3.1. AEO

7.1.3.2. MA Mouse Anatomy

7.1.3.3. UBERON

7.1.4. Biochemistry

7.1.4.1. CHEBI Chemical entities of biological interest

7.1.4.2. PRO Protein Ontology

7.1.4.3. LiPrO Lipid Ontology

7.1.4.4. MOP MOlecular Process Ontology

7.1.4.5. PW Pathway ontology

7.1.4.6. SBO Systems Biology Ontology

7.1.5. Medicine

7.1.5.1. DOID Human disease ontology

7.1.5.2. IDO Infectious Disease Ontology

7.1.5.3. NCI THesaurus

7.1.5.4. Symptom Ontology

7.1.5.5. Drug Ontology

7.1.6. Pathology

7.1.6.1. MPATH Mouse PATHology

7.1.6.2. PATHLEX Lexicon

7.1.6.3. Cell Ontology

7.2. NCBO

7.3. BioPortal

7.3.1. ICD-10

7.3.2. NCIT NCI Thesaurus

7.3.3. SNOMEDCT