1. Supremo Concilío
1.1. Decide sobre suas Instituições mantidas, das quais o Mackenzie é a maior e mais antiga, 151 anos.
2. O INSTITUTO PRESBITERIANO MACKENZIE – IPM órgão de gestão superior das Escolas e Universidade Mackenzie. Tendo a IPB como associada vitalícia.
2.1. Conselho de Curadores
2.1.1. representantes eleitos.
2.2. Conselho Deliberativo
2.2.1. representantes eleitos.
2.2.2. Tem reuniões da Mesa do Conselho – mesa administrativa, e do Conselho Pleno.
2.3. Diretoria Executiva
2.3.1. Diretores eleitos pelo Conselho Pleno:
2.3.2. Presidência
2.3.3. Diretoria de Desenvolvimento Humano e Infraestrutura
2.3.4. Diretoria de Finanças
2.3.5. Diretoria de Ensino, Pesquisa e Inovação
2.3.6. Diretoria de Estratégia e Negócios
2.3.7. Diretoria de Saúde
2.4. UNIVERSIDADE PRESBITERIANA MACKENZIE - UPM: dirigido por uma Reitoria
2.4.1. Reitor
2.4.1.1. Gabinete da Reitoria
2.4.1.1.1. Pró-reitoria de Controle Acadêmico (PRCA)
2.4.1.1.2. Pró-reitoria de Extensão e Cultura (PREC)
2.4.1.1.3. Pró-reitoria de Graduação (PRGA)
2.4.1.1.4. Pró-reitoria de Graduação (PRGA) Pró-reitoria de Pesquisa e Pós-Graduação (PRPG)
2.4.1.1.5. Pró-reitoria de Planejamento e Administração (PRPA)
2.4.1.2. Assessorias da Reitoria
2.4.1.2.1. Comissão Própria de Avaliação (CPA)
2.4.1.2.2. Cooperação Internacional e Interinstitucional (COI)
2.4.1.2.3. Ouvidoria Universitária (OVD)
2.4.1.3. Órgãos Suplementares
2.4.1.3.1. Centro de Educação a Distância (CEDaD)
2.4.1.3.2. Coordenadoria Geral de Bibliotecas (CGB)
2.4.1.3.3. Coordenadoria Geral de Bibliotecas (CGB)
2.4.1.3.4. Editora Mackenzie
2.4.1.3.5. Núcleo de Produção de TV e Desenvolvimento Acadêmico Audiovisual (NPDA)