1. DI/TII
1.1. ☆Jawa Barat oleh S.M.Kartosuwiryo 7 Agustus 1949 S.M.Kartosuwiryo memproklamasikan berdirinya Negara Islam Indonesia. Tidak sejalan dengan Pemerintah RI ketika terjadi Perundingan Renville ulyang merugikan Indonesia.Januari 1949 terjadi kontak senjata pertama kali oleh DI/TII dengan TNI. ☆Jawa Tengah 23 Agustus 1949 Amir Fatah memproklamasikan berdirinya Darul Islam dan Tentara Islam Indonesia (DI/TII) di Tegal. Amir Fatah menyatakan bargabung dengan DI/TII Jawa Barat pimpinan Kartosuwiryo. ☆Sulawesi Selatan Komando Gerilya Sulawesi Selatan (KGSS) ditolak pemerintah masuk kedalam Brigade Hasanudin.17 Agustus 1953 Kahar Muzakkar mengubah pasukannya menjadi Tentara Islam Indonesia sebagai bagian dari DI/TII Kartosuwiryo. ☆Kalimantan Selatan Pada bulan Oktober 1950 DI/TII juga tercatat melakukan pemberontakan di Kalimantan Selatan yang dipimpin oleh Ibnu Hadjar.Melakukan pengacauan dengan menyerang pos-pos kesatuan ABRI (TNIPOLRI).Ibnu Hadjar sempat berpura-pura menyerah,akan tetapi setelah menyerah dia kembali melarikan diri dan melakukan pemberontakan lagi. ☆Aceh Daud Behreuh memproklamasikan diri bahwa Aceh merupakan bagian dari Negara Islam Indonesia. Desember 1962 untuk memulihkan keamanan,atas prakarsa Panglima Kodam I Iskandar Muda dilaksanakannya Musyawarah Kerukunan Rakyat Aceh.
2. RMS (REPUBLIK MALUKU SELATAN)
2.1. 25 April 1950 Mr.Dr.Christian Robert Steven Soumokil memproklamsikan Republik Maluku selatan di Ambon.Upaya perdamaian dilakukan oleh Pemerintah melalui Dr.Leimena, namun ditolak oleh Soumokil sehingga pemerintah melakukan agresi militer.14 Juli 1950 APRIS mulai menumpas pemberontakan RMS dalam Gerakan Operasi Militer III dan akhirnya Ambon berhasil dikuasai kembali.
3. PRRI/PERMESTA
3.1. Latar Belakang
3.1.1. Ketidakpuasan Perintah Daerah atas Pemerintah Pusat.Maka 15 Februari 1958 Achmad Husein memproklamasikan berdirinya Pemerintah Revolusioner Republik Indonesia (PRRI).Kolonel D.J.Somba menyatakan memutus hubungan Sulawesi Utara dan Tengah dengan Pemerintah Pusat.Operasi Militer 17 Agustus dan Operasi Merdeka dilakukan untuk memulihkan keamanan. Achmad Husein memyerahkan diri pada 29 Mei 1961.
4. G-30 S/PKI
4.1. 1950-1959 Partai Komunis Indonesia (PKI) dipimpin oleh D.N Aidit sebagai salah satu dari empat partai besar dalam Pemilu 1955. 1964 PKI semakin agresif mulai melancarkan propoganda yang bersifat memusihi lawan lawan politiknya. 1965 Karena dinilai sebagai penghambat.PKI melancarkan fitnah bahwa Angkatan Darat akan melancarkan kudeta pada 5 Oktober 1965. 30 September 1965 Gerakan 30-S/PKI dipimpin Letkol Untung Sutopo untuk menculik para jendral dan Perwira tinggi Angkatan Darat. PKI juga mengadakan pembunuhan perwira dan petinggi TNI di Jawa Tengah dan Yogyakarta.
5. PEMBERONTAKAN PKI MADIUN
5.1. Latar Belakang
5.1.1. Pada 29 Januari 1948 Kabinet Amir Syahrifudin jatuh, Pasca Perundingan Renville. Amir Syahrifudin menghimpun kekuatan golongan kiri dan komunis membentuk Front Demokratik Rakyat (FDR).FDR bertambah kuat dengan kedatangan Muso dari Uni Soviet.Pada 18 September 1948 berdirilah Soviet Republik Indonesia di Madiun.Pemberontakan dan pengacauan PKI semakin meningkat di Madiun Dldan Surakarta.
5.2. Akhir Peristiwa
5.2.1. Untuk menumpas PKI Pemerintah RI menugaskan Kolonel Gatot Subroto dan Kolonel Sungkono, Panglima Divisi Jawa Tengah dan Timur.Pada 30 September 1948 Madiun Direbut kembali oleh TNI dan Muso tertembak mati.Amir Syahrifudin ditangkap kemudian ditembak mati.
6. PEMBERONTAKAN ANDI AZIZ
6.1. Awal Kejadian
6.1.1. Kelompok masyarakat pro-Federal membentuk pasukan bebas dibawah pimpinan Kapten Andi Aziz. 15 April 1950 Andi Aziz bersama pasukannya menyerang dan berhasil menguasai markas TNI di Makasar. 18 April 1950 Andi Aziz harus melaporkan diri ke Jakarta untuk mempertanggungjawabkan perbuatannya.Andi Aziz terlambat melapor sehingga ia tertangkap dan diadili.