1. Organismos Descentralizados
1.1. Aeropuertos y Servicios Auxiliares
1.2. Agencia Espacial Mexicana
1.3. Caminos y Puentes Federales
1.4. Ferrocarriles Nacionales de México (En proceso de desincorporación)
1.5. Servicio Postal Mexicano
1.6. Telecomunicaciones de México
2. Empresas de Participación Estatal Mayoritaria
2.1. API Altamira
2.2. API Coatzacoalcos
2.3. API Dos Bocas
2.4. API Ensenada
2.5. API Guaymas
2.6. API Lázaro Cárdenas
2.7. API Manzanillo
2.8. API Mazatlán
2.9. API Progreso
2.10. API Puerto Madero
2.11. API Puerto Vallarta
2.12. API Salina Cruz
2.13. API Tampico
2.14. API Tobolobampo
2.15. API Tuxpan
2.16. API Veracruz
2.17. Aeropuerto Internacional de la Ciudad de México, S.A. de C.V.
2.18. Ferrocarril Chihuahua del Pacífico, S.A. de C.V.
2.19. Ferrocarril del Istmo de Tehuantepec, S.A. de C.V.
2.20. Grupo Aeroportuario de la Ciudad de México, S.A. de C.V.
2.21. Servicios Aeroportuarios de la Ciudad de México, S.A. de C.V.
3. Fideicomiso
3.1. Fideicomiso de Formación y Capacitación para el Personal de la Marina Mercante Nacional (FIDENA)
4. Sin titulo
5. Oficialía Mayor Unidad de Enlace para la Transparencia y Acceso a la Información
6. Sector Central
6.1. Oficina del C. Secretario
6.1.1. Unidad de Asuntos Jurídicos
6.1.2. Dirección General de Comunicación Social
6.1.3. Dirección General de Planeación
6.1.4. Dirección General de Vinculación
6.2. Subsecretaría de Infraestructura
6.2.1. Dirección General de Carreteras
6.2.2. Dirección General de Conservación de Carreteras
6.2.3. Dirección General de Servicios Técnicos
6.2.4. Dirección General de Desarrollo Carretero
6.3. Subsecretaría de Transporte
6.3.1. Dirección General de Aeronáutica Civil
6.3.2. Dirección General de Autotransporte Federal
6.3.3. Dirección General de Transporte Ferroviario y Multimodal
6.3.4. Dirección General de Protección y Medicina Preventiva en el Transporte
6.4. Subsecretaría de Comunicaciones
6.4.1. Dirección General de Política de Telecomunicaciones y de Radiodifusión
6.4.2. Coordinación de la Sociedad de la Información y el Conocimiento
6.4.3. Unidad de la Red Privada del Gobierno Federal
6.5. Oficialía Mayor
6.5.1. Dirección General de Programación, Organización y Presupuesto
6.5.2. Dirección General de Recursos Humanos
6.5.3. Dirección General de Recursos Materiales
6.5.4. Unidad de Tecnologías de Información y Comunicaciones
6.6. Coordinación General de Puertos y Marina Mercante
6.6.1. Dirección General de Puertos
6.6.2. Dirección General de Marina Mercante
6.6.3. Unidad de Planeación Estratégica Marítimo Portuaria
6.6.4. Dirección General de Fomento y Administración Portuaria
6.7. Coordinación General de Centros SCT
6.7.1. Dirección General de Evaluación
6.7.2. 31 Centros SCT