GENÓMICA Y BASES DE DATOS BIOLÓGICAS

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GENÓMICA Y BASES DE DATOS BIOLÓGICAS por Mind Map: GENÓMICA Y BASES DE DATOS BIOLÓGICAS

1. Más de 260.000 especies diferentes están representados en GenBank, con más de 1000 especies nuevas añadidas al mes (Benson et al., 2009).

2. Actualmente, GenBank EST divide en tres categorías principales: humano, ratón y otros. Tabla 2.3 muestra los 10 organismos de los que se ha secuenciado el mayor número de ESTs. Suponiendo que hay 22.000 genes humanos

3. GENOMA

3.1. El genoma de un organismo se define como el conjunto de ADN dentro de ese organismo, incluyendo el conjunto de genes que codifican proteínas.

4. En 1995 el genoma completo de un organismo de vida libre fue secuenciado para la primera vez, la bacteria Haemophilus. En los pocos años transcurridos desde entonces los genomas de miles de organismos se han secuenciado completamente

5. BASES DE DATOS BIOLÓGICAS

5.1. Gen Bank

5.1.1. GenBank contiene actualmente alrededor de 100 mil millones de nucleótidos de 100 millones de secuencias (liberación 168). El crecimiento de GenBank en términos tanto de nucleótidos de ADN y el número de secuencias de 1982-2008

5.2. Durante el período de 1982 hasta la actualidad, el número de bases en GenBank se ha duplicado aproximadamente cada 18 meses.

6. ORGANISMOS

6.1. los organismos en GenBank consisten sobre todo en los eucariotas. De los microbios, actualmente hay más de 25 veces más bacterias que arqueas representado en GenBank.

7. NÚMEROS DE ACCESO BASES BIOLÓGICAS

8. Hay miles de números de acceso correspondientes a muchos genes y proteínas. Una búsqueda con la consulta “globina beta” de la página principal de NCBI muestra los resultados a través de las bases de datos del motor de búsqueda de Entrez. Hay más de 1000 cada uno de los nucleótidos de la secuencia

8.1. DDBJ

8.1.1. Secuencia de registros GenPept (que contienen las traducciones de los registros de GenBank / EMBL / DDBJ que tienen una característica región de codificación anotado en ellos de aminoácidos)

8.2. GenBank

8.2.1. Un número de acceso GenBank o RefSeq refiere a la versión más reciente de una secuencia dada. Por ejemplo NM_000558.3 es actualmente un RefSeq identi er fi para alfa globina humana.

8.3. EMBL

8.4. La base de datos EMBL (TrEMBL) de secuencias de nucleótidos traducida biblioteca proporciona automatizado (en lugar de manual) anotaciones de proteínas no en Swiss-Prot. Fue creado debido a la gran cantidad de secuencias de proteínas que se han vuelto disponibles a través de los proyectos de secuenciación del genoma. (3) PIRmaintains la SequenceDatabase proteína, otra base de datos de proteínas curada por expertos.

8.4.1. Los objetivos del proyecto son analizar automáticamente y anotar datos del genoma (véase el capítulo 13) y para presentar los datos genómicos a través de su navegador web.

9. Los datos de la secuencia de nucleótidos en bruto en GenBank, DDBJ, y EBI son equivalentes.