Bases de datos biológicas

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Bases de datos biológicas por Mind Map: Bases de datos biológicas

1. Categorías de bases

1.1. Las secuencias de escopeta de genoma completo (WGS, por sus siglas en inglés).

1.2. Algunos contienen datos de secuencias de nucleótidos y / o proteínas relevantes para un gen o proteína en particular (como las quinasas). Otras de datos de cromosomas u orgánulos particulares

1.3. Bases de datos con información de secuencias de genes que están mutados en enfermedades humanas.

1.4. Bases de datos especializadas en la levadura.

2. GenBank

2.1. Cantidad de datos de secuencia La próxima generación implica la generación de cantidades masivas de datos de secuencia, como 1 billón de bases (1 Gb).

2.2. Códigos para designar las divisiones de archivos de datos

2.2.1. 1. PRI: secuencias de primates

2.2.2. 2. ROD: secuencias de roedores

2.2.3. 3. MAM: otras secuencias de mamíferos

2.2.4. 4. VRT: otras secuencias de vertebrados

2.2.5. 5. INV: secuencias de invertebrados

2.2.6. 6. PLN: secuencias de plantas, hongos y algas

2.2.7. 7. BCT: secuencias bacterianas

2.2.8. 8. VRL: secuencias virales

2.2.9. 9. PHG: secuencias de bacteriófagos.

2.2.10. 10. SYN: secuencias sintéticas

2.2.11. 11. UNA: secuencias sin anotar

2.2.12. 13. PAT: secuencias de patentes

2.2.13. 14. STS: secuencias de STS (sitios marcados según la secuencia)

2.2.14. 15. GSS: secuencias GSS (secuencias de estudio del genoma)

2.2.15. 16. HTG: secuencias HTGS (secuencias genómicas de alto rendimiento)

2.2.16. 17. HTC: secuencias de HTC (secuencias de cDNA de alto rendimiento)

2.2.17. 18. ENV: secuencias de muestreo ambiental.

2.3. Tipos de datos en GenBank:

2.3.1. Bases de datos de ADN de GenBank que contiene datos de globina beta:: La globina beta es parte de un cromosoma, puede ser parte de un gran fragmento de ADN, como un cósmido, un cromosoma artificial bacteriano (BAC) o un cromosoma artificial de levadura (YAC) que puede contener varios genes.

2.3.1.1. no redundante (nr) dbGSS dbHTGS bSTS

2.3.2. Bases de datos de ADN de GenBank, derivado de ARN, que contiene datos de globina beta:

2.3.2.1. en entrez dbEST niGene Expresión génica Ómnibus

2.3.3. Bases de datos de proteínas que contiene datos de globina beta:

2.3.3.1. Proteina Entrez no redundante (nr) UniProt

3. NCBI

3.1. Crea bases de datos públicas, realiza investigaciones en biología computacional, desarrolla herramientas de software para analizar datos genómicos

3.2. Categorías de la página

3.2.1. PubMed

3.2.2. Entrez

3.2.3. Explosión

3.2.4. OMIM

3.2.4.1. contienen

3.2.4.1.1. Información de referencia detallada

3.2.4.1.2. Información secuencial

3.2.4.1.3. Enlaces a artículos en PubMed

3.2.5. Libros

3.2.6. Taxonomía

3.2.7. Estructura:

4. EMBL

4.1. Importancia

4.1.1. Comprender cómo la genética afecta la salud de los seres humanos, plantas y animales es esencial para los avances en la prevención de enfermedades, la seguridad alimentaria y la biodiversidad.

4.2. Bases de datos moleculares

4.2.1. EMBL-Bank

4.2.2. SWISS-PROT

4.2.3. TrEMBL

4.2.4. MSD

4.2.5. Ensembl

4.2.6. ArrayExpress

4.3. Innovación

4.3.1. Estimula la innovación en la investigación biomédica y de ciencias de la vida al hacer que los datos.

5. DDBJ

5.1. proporcionan servicios de análisis y compartición de datos de investigaciones de ciencias de la vida y avances científicos.

5.2. Está certificado oficialmente para:

5.2.1. Recoger las secuencias de nucleótidos de los investigadores y emitir el número de acceso reconocida internacionalmente para proveedores de los mismos.

5.3. DNA Data Bank of Japan (DDJB) está en funcionamiento en el Instituto Nacional de Genética (NIG) en Mishima, Japón, con el respaldo de MEXT; Ministerio japonés de Educación, Cultura, Deportes, Ciencia y Tecnología.