BIOINFORMÁTICA

1. Sequenciamento genético: obter conjuntos de sequências para serem analisadas pelos algoritmos

1.1. Métodos de sequenciamento

1.1.1. Sanger

1.1.1.1. fragmento de DNA => sequência de nucleotídeos

1.1.2. NGS

1.1.2.1. sequenciamento direto e paralelo de milhões (bilhões) de DNA

1.1.2.1.1. Aumento considerável na escala e resolução das análises

1.1.2.1.2. redução de quantidade de amostra necessária

1.1.2.1.3. diminuição no custo por nucleotídeo sequenciado

1.2. Bancos de dados de genoma

1.2.1. Grande volume de dados

1.2.1.1. Sequencias (Nucleotídeos ou proteínas) e anotações;

1.2.1.2. Proteínas e informações sobre respectivas funções;

1.2.1.3. Estruturas de moléculas de proteínas (Secundarias - plano, Terciarias –tridimensional)

1.2.1.4. Taxonomia (Classificação de organismos vivos).

1.2.2. Definição do modelo de dados mais adequado;

1.2.3. Necessidades de processamento;

1.2.4. Meios de acesso e o problema da íntegra

1.2.5. Análises e controle semânticos dos dados;

1.2.6. Meios de acesso e o problema da integração das bases

1.2.7. Aplicações

1.2.7.1. Montagem de fragmentos de DNA

1.2.7.2. Mapeamento físico de cromossomo

1.2.7.3. Construção de árvores filogenéticas

1.2.7.4. Predição de estruturas

1.2.7.5. Comparação de biossequências

1.2.7.5.1. Alinhamento de sequências

1.2.8. Modelos

1.2.8.1. Relacional

1.2.8.1.1. Vantagens

1.2.8.1.2. Desvantagens

1.2.8.2. Orientado a objetos

1.2.8.2.1. Vantagens

1.2.8.2.2. Desvantagens

1.2.8.3. Relacional - objeto

1.2.8.3.1. Combinação dos modelos anteriores mais utilizada na bioinformática

1.2.8.3.2. Agilidade na busca + mapeamento fiel dos dados