1. Sustancia gris intrínseca
1.1. Núcleos propios del bulbo
1.1.1. Núcleo grácil y cuneiforme
1.1.2. Núcleo cuneiforme accesorio
1.1.3. Núcleos arqueados
1.1.4. Núcleos del complejo olivar inferior
1.2. Núcleos intrínsecos o propios del puente
1.2.1. Núcleos propios del puente
1.2.2. Cuerpo trapezoide o estría acústica ventral
1.2.3. Núcleos del cuerpo trapezoide
1.2.4. Núcleo olivar superior
1.3. Núcleos intrínsecos del mesencéfalo
1.3.1. Sustancia negra o núcleo negro o locus niger
1.3.2. Núcleo rojo
1.3.3. Núcleo del colículo superior
1.3.4. Lemnisco espinal
1.3.5. Núcleo pretectal
1.3.6. Núcleo del colículo inferior
1.3.7. Núcleo interpeduncular
1.3.8. Locus ceruleus
1.3.9. Sustancia gris periacueductal
2. Sustancia gris extrínseca
2.1. Columnas motoras o eferentes
2.1.1. Columna somática eferente
2.1.1.1. Núcleo del nervio oculomotor
2.1.1.2. Núcleo del nervio troclear
2.1.1.3. Núcleo abducens
2.1.1.4. Núcleo hipogloso
2.1.2. Columna visceral eferente especial
2.1.2.1. Núcleo motor del trigémino o masticatorio
2.1.2.2. Núcleo motor del nervio facial
2.1.2.3. Núcleo ambiguo
2.1.3. Columna visceral eferente general
2.1.3.1. Núcleo accesorio del oculomotor
2.1.3.2. Núcleo salivatorio superior
2.1.3.3. Núcleo lacrimomuconasal
2.1.3.4. Núcleo salivatorio inferior
2.1.3.5. Núcleo dorsal del vago
2.2. Columnas sensitivas o aferentes
2.2.1. Columna somática aferente general
2.2.1.1. Núcleo del tracto mesencefálico del trigémino
2.2.1.2. Núcleo sensitivo principal del trigémino
2.2.1.3. Núcleo del tracto espinal del trigémino
2.2.2. Columna visceral aferente general y especial
2.2.2.1. Núcleo del tracto solitario
2.2.2.1.1. Nervio facial
2.2.2.1.2. Nervio glosofaríngeo
2.2.2.1.3. Nervio vago
2.2.3. Columna somática aferente especial
2.2.3.1. Núcleos vestibulares
2.2.3.2. Núcleos cocleares
3. Sustancia blanca
3.1. Fascículos de asociación
3.1.1. Fascículo longitudinal medial
3.1.2. Fascículo longitudinal dorsal
3.1.3. Fascículos ascendentes
3.1.4. Fascículos descendentes