1. Nivel Centralizado Normativo
1.1. Instancia Administrativa:
1.1.1. MARN. Coordinación
1.1.2. Secretaría Ejecutiva
1.1.2.1. Es la responsable de dar a conocer las directrices para que funcione el SINAMA. Dispondrá de personal contratado y asignado a cada una de las regiones con la finalidad de integrar y hacer funcionar a las unidades ambientales y otras instancias de acuerdo al ámbito para la política territorial establecida en la normativa; asimismo, dispondrá del apoyo de la Dirección General de Atención Ciudadana e Institucional, a la cual se le asignarán funciones específicas para lograr que el SINAMA alcance los objetivos establecidos en la Ley del Medio Ambiente. La secretaría ejecutiva estará a cargo de la Dirección Ejecutiva MARN. art. 13 reglamento MARN.
1.1.3. Comité de Apoyo
1.1.3.1. Art. 11.- Corresponde al Comité de Apoyo de la Instancia Administrativa: a) Asistir con puntualidad a las reuniones cuando hayan sido convocados por el Coordinador del SINAMA; b) Proponer en esta instancia los casos que requieran de apoyo o toma de decisiones de la Instancia Política; c) Proponer recomendaciones acerca de la problemática sobre la incorporación de la temática ambiental dentro de sus instituciones.
1.1.4. Consejos Regionales
1.2. Instancia Política:
1.2.1. Consejo del SINAMA
1.2.1.1. Conformado por: el Ministerio de Medio Ambiente y Recursos Naturales; Ministerio de Economía; Ministerio de Agricultura y Ganadería; Ministerio de Obras Públicas, Transporte, Vivienda y Desarrollo Urbano; Ministerio de Salud; Ministerio de Educación; Ministerio de Ciencia y Tecnología; Ministerio de Gobernación y Desarrollo Territorial; Ministerio de Hacienda; Ministerio de Turismo; Administración Nacional de Acueductos y Alcantarillados (ANDA); Comisión Ejecutiva Hidroeléctrica del Río Lempa (CEL); Comisión Ejecutiva Portuaria (CEPA); Corporación de las Municipalidades de la República de El Salvador; Asamblea Legislativa; Corte Suprema de Justicia; Magistrados y Jueces Ambientales; Corte de Cuentas de la República; Procuraduría General de la República; Procuraduría Para la Defensa de los Derechos Humanos; Fiscalía General de la República.
2. Nivel Descentralizado Operativo
2.1. Unidades Ambientales Municipales
2.1.1. Son estructuras especializadas, con funciones de supervisar, coordinar y dar seguimiento a las políticas, planes, programas, proyectos y acciones ambientales dentro de su institución y para velar por el cumplimiento de las normas ambientales por parte de la misma y asegurar la necesaria coordinación interinstitucional en la gestión ambiental, de acuerdo a las directrices emitidas por el Ministerio”. Artículo 7 (MARN, 1998).