1. Número de oculares
1.1. Monocular
1.2. Binocular
1.3. Triocular
2. Fuente de iluminación
2.1. Vertical
2.1.1. Iluminación por debajo de la platina
2.2. Invertido
2.2.1. Iluminación por encima de la platina
2.2.1.1. Cultivos celulares
3. Número de lentes
3.1. Simple: una lente, imagen de mayor tamaño, derecha y virtual
3.1.1. Lupa
3.1.1.1. Una lente que forma una imagen de mayor tamaño, derecha y virtual.
3.2. Compuesto: por lo menos 2 lentes (varios según el tipo de iluminación)
3.2.1. Fotónicos (fotones)
3.2.1.1. Microscopio de campo claro
3.2.1.1.1. Luz visible por un foco apuntando hacia la muestra
3.2.1.2. Microscopio de campo oscuro
3.2.1.2.1. Luz transmitida
3.2.1.2.2. Luz incidente
3.2.1.3. Microscopio de contraste de fases
3.2.1.3.1. Contraste interferencial
3.2.1.3.2. Contraste interferencial diferencial
3.2.1.4. Microscopio de contraste interferencial diferencial (CID) o de NOMARSKI
3.2.1.5. Microscopio de luz polarizada
3.2.1.5.1. 2 filtros que modifican la luz
3.2.1.6. Estereomicroscopios
3.2.1.6.1. De luz reflejada
3.2.1.6.2. De luz trasmitida
3.2.1.7. Fluorescencia: Microscopio confocal, Microscopio de luz ultravioleta
3.2.1.7.1. Técnicas
3.2.2. Electrónicos (electrones)
3.2.2.1. Microscopio electrónico de transmisión (MET)
3.2.2.1.1. electrones transmitidos
3.2.2.2. Microscopio electrónico de barrido (MEB)
3.2.2.2.1. electrones secundarios
3.2.2.3. Microscopio confocal de barrido láser
3.2.3. Sonda de escaneo
3.2.3.1. Sonda de barrido
3.2.3.1.1. Microscopio de efecto túnel
3.2.3.1.2. Microscopio de barrido térmico
3.2.3.1.3. Microscopio de barrido óptico de campo cercano
3.2.3.1.4. Microscopio de iones en campo
3.2.3.2. Fuerza de barrido
3.2.3.2.1. Microscopio de fuerza atomica