Análisis integrativo de la red miRNA-mRNA en la retinopatía de gran altitud mediante análisis bio...

1. DISCUSION

1.1. HAR manifestación ocular de AAI

1.1.1. Encontró correlación estadísticamente significativa entre HAR y HACE

1.1.2. miARN pueden regular muchos BP

1.1.3. 8 genes centrales

1.1.3.1. biomarcadores candidatos de HAR

1.1.4. FOS

1.1.4.1. Regulo significativamente los cultivos en hipoxia

1.1.5. IL10

1.1.5.1. Reducir el daño tisular y promover tolerancia inmunitaria

1.1.5.2. Sirve como biomarcador en HAR

1.1.6. Hemorragias retinianas a gran altura y fuga vascular

1.1.6.1. Causada por trastorno de microcirculacion retiniana

1.1.6.1.1. en condiciones de hipoxia a gran altura

1.1.7. 1 ESTUDIO

1.1.7.1. en explorar los DE-miRNA y DEG de HAR

1.1.7.2. Establecer la red miRNA-mRNA

1.1.7.2.1. Análisis bioinformáticos integrales

1.1.8. Conclusión

1.1.8.1. Estudio identifico

2. RESULTADOS

2.1. Identificacion del DE-mRNA y el DE-miRNA

2.1.1. Total 807 genes

2.1.1.1. Expresaron diferencialmente entre los grupos AMS y no AMS

2.1.1.1.1. 271 regulados al alza

2.1.1.1.2. 535 regulados a la baja DE-ARNm

2.1.1.2. Herramienta en linea GEO2R

2.1.1.2.1. 16 DE-miRNA

2.2. Red miARN-ARNm

2.2.1. 122 DE 5652 Objetivos DE-miRNA regulados al alza

2.2.2. 37 de 9857 Objetivos DE-miRNA regulados a la baja

2.2.3. Elimino 1 duplicado

2.2.4. Red reguladora miARN-ARNm

2.2.4.1. 240 pares de miARN-ARNm entotal

2.2.4.1.1. 196 pares miARN-ARNm al alza

2.2.4.1.2. 44 pares de miARN-ARNm a la baja

2.3. Red PPI de los DEG objetivo

2.3.1. Contiene 59 nodos y 99 interacciones

2.3.2. 8 genes centrales

2.4. Validación de genes hub en modelos de células HAR

2.4.1. 9 DE-miRNA al alza

2.4.2. 8 genes centrales para qRT-PCR

3. INTRODUCCION

3.1. Retinopatia de Altura HAR

3.1.1. entidad clinica del mal agudo de altura AAI

3.1.1.1. incluye

3.1.1.1.1. Mal agudo de montaña AMS

3.1.1.1.2. Edema pulmonar de altura HAPE

3.1.1.1.3. Edema cerebral de altura HACE

3.1.2. Causada por incapacidad de adaptarse a la deficiencia aguda de oxigeno

3.1.2.1. a grandes alturas

3.1.3. Manifiesta principalmente

3.1.3.1. Fuga de los vasos retinianos perifericos

3.1.3.2. Hemorragias retinianas

3.1.3.3. Vasos retinianos tortuosos

3.1.3.4. Edema del disco optico

3.1.3.5. Edema macular

3.1.4. Incidencia 79% en aumento

3.1.5. Patogenia no esta clara

3.1.6. Estudios actuales

3.1.6.1. hipoxia es la razón principal del cambio fisiopatológico

3.1.6.1.1. en situaciones de gran altitud

3.1.6.1.2. Genes relacionados

4. Expresión de ARNm GSE75665

5. Utilizo herramienta en linea

5.1. GEO2R

5.1.1. Identificar miARN expresado diferencialmente entre AMS y ni muestras de sangre AMS

5.1.1.1. Expresión de miARN GSE90500

5.1.2. Valor P<0.01

6. MATERIALES Y METODOS

6.1. Fuente de datos

6.1.1. Se obtuvieron de la base de datos GEO

6.1.2. Plataforma de GPL18058

6.1.2.1. Datos de RNA-seq de GSE905000

6.1.3. Plataforma GPL11154

6.1.3.1. Datos de micromatrices de GSE75665

6.2. Identificacion del miARN expresado diferencialmente y del ARNm expresado diferencialmente

6.3. La prediccion de genes diana DE-miRNA

6.3.1. Utilizo 3 herramientas de prediccion

6.3.1.1. Predecir los mRNA objetivo de DE-miRNA

6.3.1.1.1. TargetScan

6.3.1.1.2. miRDB

6.3.1.1.3. DIANA-microT

6.3.2. Construyo la red reguladora miRNA-mRNA

6.3.2.1. Software Cytoscape

6.4. Construcción de la red de interacción proteína - proteína

6.4.1. Grados de conectividad se calcularon

6.4.1.1. Métodos estadísticos de red

6.5. Establecimiento del modelo de celda HAR

6.5.1. Células endoteliales microvasculares de la retina humana HRMEC

6.5.1.1. Adquirieron de Cell Systems Corporations

6.5.1.2. Cultivaron en medio M199

6.5.1.2.1. Suero bovino fetal al 20%

6.5.1.2.2. FSF basico 3ng/ml

6.5.1.2.3. Heparina 10 unidades/ml

6.5.1.2.4. Estreptomicina/peinicila al 1% a 37°C

6.5.1.3. Modelo de hipoxia

6.5.1.3.1. Cultivo celular

6.5.1.4. Grupos de control

6.5.1.4.1. Cultivaron

6.6. PCR cuantitativa en tiempo real

6.6.1. Utilizo reactivo TRIzol

6.6.1.1. Extraer ARN total

6.7. Análisis estadístico

6.7.1. Resultados

6.7.1.1. Analizaron prueba t de Student de dos colas

6.7.1.2. P < 0.05 mostraba una diferencia estadística