1. Replikácia
1.1. Rodiny Polymeráz
1.1.1. A
1.1.1.1. schopnosť replikácie aj reparácie
1.1.1.2. skôr prokaryotické a vírusové pol. + mitochondirálna pol.
1.1.1.3. T7, Taq, EColi I, eukaryotická gama
1.1.2. B
1.1.2.1. replik. enzýmy eukaryo. buniek
1.1.2.2. alfa, epsilon, ... aj z fágov T4, RB69
1.1.2.3. majú proof reading
1.1.3. C
1.1.3.1. replikácia vodiaceho vlákna bak chromozomómu
1.1.3.2. proof reading
1.1.4. D
1.1.4.1. Archeata
1.1.5. X
1.1.5.1. eukaryo - delta, X, lambda, miliU,,
1.1.5.2. prok. pol. IV
1.1.6. Y
1.1.6.1. reparačné enzýmy
1.1.7. RT
1.1.7.1. telomeráza, RT
1.2. Eukaryota
1.2.1. Polymerázy
1.2.1.1. Alfa
1.2.1.1.1. primazova aktivita, 10nk rbk a 10-20 dnk
1.2.1.2. Beta
1.2.1.2.1. reparačná, má 5-3 exo aktivitu a polymerazovu aktivitu
1.2.1.2.2. bez schopnosti tvoriť primer, nepresná
1.2.1.3. Gama
1.2.1.3.1. mitochondriálna
1.2.1.3.2. tvorí primer, veľmy procesívna a presná
1.2.1.4. Delta
1.2.1.4.1. hlavný enzým, oba vlákna!
1.2.1.4.2. potrebuje PCNA
1.2.1.4.3. komplex s PCNA a RfC
1.2.1.5. Epsilon
1.2.1.5.1. vodiace vlákno, bez PCNA
1.2.2. Faktory
1.2.2.1. ORC
1.2.2.1.1. Origin recognition complex
1.2.2.1.2. potreba ATP
1.2.2.2. Cdc6p
1.2.2.2.1. hlavný protein, určuje či dôjde k replikácii
1.2.2.2.2. väzba na ORC
1.2.2.2.3. 1. RLF B proteín - na ORC začiatok G1 fázy
1.2.2.2.4. 2. RLF M proteín - komplex s MCM
1.2.2.2.5. s MCM, ORC a Cdt1 = prereplikačný komplex
1.2.2.3. MCM
1.2.2.3.1. na CDC6p
1.2.2.3.2. mini chromosomal maintenance
1.2.2.3.3. helikáza
1.2.2.4. B-CDK
1.2.2.4.1. kinázová aktivita, fosforiluje CDC6p a MCM
1.2.2.4.2. fosforiluje aj ORC
1.2.2.5. CDC7p-DBF4
1.2.2.5.1. fosforiluju MCM
1.2.2.6. RfC
1.2.2.6.1. pri syntéze vodiaceho vlákna, vo väzba s DNA pol. delta
1.2.2.6.2. vyviazanie alfy a naviazanie delty
1.3. Prokaryota
1.3.1. Polymerázy
1.3.1.1. I
1.3.1.1.1. 3-5 exo, 5-3 exo, 3-5 pol.
1.3.1.1.2. bez 5-3 exo = kleinow fragment
1.3.1.1.3. vyštiepuje zvyšky primerov na okazakiho fragmentoch
1.3.1.2. II
1.3.1.2.1. reparačný enzým, neesenciálny
1.3.1.2.2. prítomné gapy v DNA
1.3.1.3. III
1.3.1.3.1. hlavný prok. enzým
1.3.1.3.2. niekoľko jednotiek
1.3.1.4. IV
1.3.1.4.1. bežný reparačný enzým v bunkovom cykle
1.3.1.4.2. opravuje gapy
1.3.1.4.3. 2 jednotky- beta (zvýšenie procesivity), gama (väzba na DNA)
1.3.1.5. V
1.3.1.5.1. SOS odpoveď, chyby spôsobené UV
1.3.1.5.2. UmuD a UmuC
1.3.2. Faktory
1.3.2.1. DNA A
1.3.2.1.1. 2 miesta
1.3.2.1.2. rozpoznáva repetitícne sekvencie, prvé odvíjanie - inciácia v AT
1.3.2.1.3. helikáza spolu s SSB
1.3.2.2. DNAB
1.3.2.2.1. pomáha naviesť DNAC
1.3.2.2.2. odvíjanie vlákna
1.3.2.2.3. potrebné ATP
1.3.2.2.4. hexamér
1.3.2.2.5. asociovaný s primázou
1.3.2.3. DNAC
1.3.2.3.1. hexamér
1.3.2.3.2. neskôr sa uvoľní
1.3.2.4. SSB
1.3.2.4.1. tetramér
1.3.2.4.2. zabraňuje reasoacií vlákna
1.3.2.5. PriA
1.3.2.5.1. podobný ako DNAB, naviazaný na primazóm
1.3.2.5.2. robí sľučku na zaostavajúcom vlákne
1.3.2.5.3. pohybuje sa po vlákne v smere 3-5
1.3.2.6. Tus
1.3.2.6.1. proteín sa naviaže v ter
1.3.2.6.2. replikačnný terminálny p.
2. Transkripcia
2.1. prokaryoty
2.2. eukaryoty
2.2.1. RNA polymeraza I
2.2.1.1. miesta
2.2.1.1.1. UCE
2.2.1.1.2. jadrová/zakladná oblasť
2.2.1.2. faktory
2.2.1.2.1. UBP1
2.2.1.2.2. SL1
2.2.2. RNA polymeráza II
2.2.2.1. miesta
2.2.2.1.1. TATA box -30--25
2.2.2.1.2. CAAT box -75--80
2.2.2.1.3. GACA box -90
2.2.2.1.4. Oktamér -100
2.2.2.2. faktory
2.2.2.2.1. TFIID
2.2.2.2.2. TFIIA
2.2.2.2.3. TFIIB
2.2.2.2.4. TFIIE
2.2.2.2.5. TFIIF
2.2.2.2.6. TFIIH
2.2.2.2.7. NELF
2.2.2.2.8. P-TEFb
2.2.2.2.9. DSIF
2.2.2.2.10. TFIIS
2.2.3. RNA polymeráza III
2.2.3.1. 1.typ promótoru
2.2.3.1.1. TFIIIA ide na box A, TFIIIC ide na boxB a TFIIIB sa naväzuje na ne, zosilňujú jeho väzbu. Nie su esenciálne, aj bez nich transkripcia prebieha. TFIIIA je špecifický pre 5S. Komplex proteínov môže byt naviazaný aj niekoľko týždnov, čím sa zabepečuje stály prístup 5Sproteínov.
2.2.3.2. 2. typ promótoru
2.2.3.2.1. TFIII B proteín ide na box A, TFIIIC proteín na oblast B
2.2.3.3. 3.typ promótoru
2.2.3.3.1. TATA box - rozpoznávaný rovno TFIIIB proteínom (TBP), faktory OCT a PSE
2.2.3.4. TFIIIB
2.2.3.4.1. pozičný faktor, správna orientácia RPIII, TBP proteín, správna iniciácia transkripcie, má aj čast BVF podobnú TFIIB
3. Splicing
3.1. faktory
3.1.1. BBP
4. Translácia
4.1. Prokaryoty
4.1.1. iniciačné faktory
4.1.1.1. IF-1
4.1.1.1.1. stabilizácia
4.1.1.2. IF-2
4.1.1.2.1. správne nasmerovanie acetylovanej t-RNA do A miesta
4.1.1.3. IF-3
4.1.1.3.1. väzba malej podjednotky na mRNA
4.1.2. elongačné faktory
4.1.2.1. EF-TU
4.1.2.1.1. GTP
4.1.2.2. EF-TS
4.1.2.2.1. obnova GTP v EF-TU
4.1.2.3. EF-G
4.1.2.3.1. posun ribozómu
4.1.3. terminačné faktory
4.1.3.1. RF1
4.1.3.1.1. UAA, UAG
4.1.3.2. RF2
4.1.3.2.1. UAA, UGA
4.1.3.3. RF3
4.1.3.3.1. GTP
4.2. Eukaryoty
4.2.1. iniciačné faktory
4.2.1.1. EIF1A
4.2.1.2. EIF3
4.2.1.3. EIF2
4.2.1.3.1. GTP
4.2.1.4. EIF4F
4.2.1.5. EIF4E
4.2.1.6. EIF4G
4.2.1.7. EIF4A
4.2.1.8. EIF4B
4.2.1.9. EIF5
4.2.1.9.1. GTP
4.2.1.10. EIF6
4.2.2. Elongačné faktory
4.2.2.1. EEF-1ALFA
4.2.2.1.1. GTP
4.2.2.2. EEF2
4.2.2.2.1. GTP
4.2.2.3. EEF-1BetaGama
4.2.2.3.1. obnova GTP
4.2.3. Terminačné faktory
4.2.3.1. ERF1
4.2.3.2. ERF3