progetto 1q & 13

1. DATI

1.1. Dati clinici

1.1.1. Creare un dataset definitivo con sopravvivenze / terapie / risposte / randomizzazione TX

1.1.1.1. fatto

1.2. Dati genomici

1.2.1. Chiamate di CNA aggisutate sull'arricchimento

1.2.1.1. da fare

1.2.1.1.1. dividere clonali e subclonali

2. ANALISI

2.1. Da produrre

2.1.1. segnale di CN aggiustatio sulla purezza dei campioni (ASCAT)

2.1.2. Chiamate di alterazione CNA per braccio (GISTIC o script)

2.1.2.1. CLONALI: > 90%

2.1.2.2. SUBCLONALI < 90% & > 10%

2.2. Da aggiornare

2.2.1. Frequenze alterazioni

2.2.2. PCA (MDS)

2.2.3. Matrice di correlazione (Matrice di Fisher)

3. ARTICOLO

3.1. Risultati

3.1.1. Frequenza alterazioni

3.1.2. Correlazione singole alterazioni tra loro

3.1.3. Correlazione alterazioni nel loro complesso