1. Bacias Hidrograficas Federais
1.1. Bacia hidrográfica do Rio Parnaíba
1.1.1. Possui uma área de 331.441,5 km2 e uma extensão de 1.400 km; sendo o regime do rio principal perene. Compreende áreas dos municípios dos estados do Maranhão (35), Piauí (165) e Ceará (20), sendo ao todo 220 municípios
1.2. Bacia hidrográfica do Rio Tocantins
1.3. Tem uma superfície de 967.059 km2; correspondente a 11% do território nacional, com as seguintes partes: estado de Goiás (26,8%), Tocantins (34,2%), Pará (20,8%), Maranhão (3,8%), Mato Grosso (14,3%) e o Distrito Federal (0,1%). A vazão é de 11.800 m3/s, fornecendo uma vazão específica média de 15,6 l/s/km2
1.4. Bacia hidrográfica do Rio Gurupi
1.5. Com uma área de 61.000 km2, a qual no espaço maranhense chega aproximadamente 40.000 km2 Possui uma extensão equivalente a 719 km.
2. Bacias Hidrograficas Estaduais
2.1. Bacia Hidrografica de Munin
2.1.1. o rio principal tem 320 km de extensão e deságua na baía de São José, entre Axixá e Icatu (IBGE, 1997, p. 25), sua área de drenagem corresponde a 15.350 km2, com drenagem dendrítica de regime perene.
2.2. Bacia Hidrografica do Rio Itapecuru
2.2.1. Essa bacia compreende um total de 57 municípios, desses, 37 têm sedes municipais localizadas na bacia e, apenas vinte municípios estão inseridos na mesma.
2.3. Bacia Hidrografica do Mearim
2.3.1. Possui uma área de aproximadamente 99.058 km2. Conta com uma extensão de 930 km e deságua na baía de São Marcos. No baixo curso, as marés se estendem por mais de 200 km.
2.4. Bacia Hidrografica do Rio Turiaçu
2.4.1. Fazem parte dessa bacia 16 municípios, desses,oito possuem sedes localizadas dentro dela, e apenas dois municípios estão totalmente inseridos na bacia.
2.5. Bacia Hidrografica do Rio Maracacumé
2.5.1. A bacia encontra-se circundada pelas bacias do Gurupi e Turiaçu, seu rio principal é denominado Maracaçumé.
2.6. Bacia Hidrografica Rio Preguiça
2.6.1. Tem uma área de 6.750 km2 e uma extensão de 125 km (MARANHÃO, 2002, p.11). O principal rio nasce no interior do continente (região Nordeste), segue sinuoso até desaguar no oceano, a noroeste da localidade de Atins no município de Barrerinhas-MA.