Clonal evolution

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Clonal evolution da Mind Map: Clonal evolution

1. "DATO_GENOMICO_pazienti_validi_CE_SP"

2. Selezione CAMPIONI VALIDI per QUALITA' ESPERIMENTI - SNP - Mutazioni

2.1. Selezione PAZIENTI VALIDI per qualità ACCOPPIAMENTO: - entrambe le fasi valutabili

3. COPY NUMBER

3.1. segmenti Rawcopy

3.1.1. ASCAT: correzione per la PUREZZA "sunrise" plot solution extrapolation

3.1.1.1. BROAD

3.1.1.1.1. PULIZIA SEGMENTI : - Focal cleaner (500.000 bp)

3.1.1.2. FOCAL

3.1.1.2.1. GISTIC

4. MUTAZIONI

4.1. Sophia PANEL

4.1.1. MUTECT pipeline

4.1.1.1. MUTATION-virtual SKY

5. COMPLETE Virtual-SKY

6. Organizzazione files dati:

6.1. "Elenco_pazienti_reclutati_CE_SP"

6.1.1. "DATI_CAMPIONI_MMPANEL_validi_CE_SP"

6.1.2. "DATI_CAMPIONI_SNP_validi_CE_SP"

6.1.3. "DATO_CLINICO_pazienti_validi_CE_SP"

7. DATASET_CE_SP