1. Paleontológicas
1.1. También se encuentran los fósiles vivientes, por ejemplo: el Celacanto, los cocodrilos o las plantas como el Ginkgo biloba.
1.1.1. Fósiles El registro fósil puede ser: en huesos, dientes, cráneos, plantas, conchas, trilobites, esqueletos, en ámbar, coprolitos
1.1.2. les de transición: Son especies que tienen características de especies más antiguas como de especies actuales.
2. Bioquímicas
2.1. El citocromo c, es una proteína presente en todos los organismos e involucrada en la respiración aeróbica, en humanos y chimpancés está conformado por los mismos 104 aminoácidos ordenadamente exactamente igual.
2.2. Se basan en la comparación a nivel molecular de los distintos organismos. Comparando moléculas como ADN y proteínas se pueden calcular el grado de parentesco entre dos especies distintas.
3. Biogeográficas
3.1. Es la existencia de grupos de especies más o menos parecidas y emparentadas, que habitan lugares relacionados entre sí por su proximidad, situación o características.
3.2. Se encuentran las siguientes regiones de acuerdo a la homogeneidad adaptativa de flora, fauna, clima:
3.2.1. • Región Paleártica: Europa, y Zonas de Asia • Región Neártica: Norteamérica, México • Región Neotropical: Sudamérica • Región Etiópica: África • Región Oriental: Asia Tropical • Región Austral: Australia, Nueva Zelanda y Nueva Guinea • Región Oceánica: Islas Oceánicas, por ejemplo: Océano Pacifico, Atlántico, Índico, Antártico, Ártico.
4. Embriológicas
4.1. La comparación de embriones de diferentes grupos de vertebrados.
4.2. Duración del embrión (ser humano 9 meses)
4.3. • Sexo del bebé (niño o niña) • Malformación en el bebé • Embarazos múltiples
5. Anatómicas
5.1. Órganos vestigiales: son órganos que están presentes y que no se utilizan, pero sí son funcionales.
5.1.1. Órganos homólogos: son aquellos que tienen la misma o parecida la estructura interna puede estar adaptado a funciones distintas.
5.1.2. Órganos análogos: son aquellos que tienen estructuras distintas, aunque tengan forma y función similares.