BIOINFORMÁTICA

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BIOINFORMÁTICA by Mind Map: BIOINFORMÁTICA

1. OBJETIVO PRINCIPAL

1.1. Lograr entender mejor las células y la manera como funcionan a nivel molecular

2. CENTROS DE BIOINFORMÁTICA

2.1. Bases de datos de secuencias de nucleótidos

2.1.1. GenBank at the NCBI (Bethesda, Maryland,USA).http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez

2.1.2. The European Molecular Biology Laboratory (EMBL) Nucleotide

2.1.3. Sequence Database at the European Bioinformatics Institute (EBI) in Hinxton, near Cambridge, UK - http://www.ebi.ac.uk

2.1.4. The DNA Database of Japan (DDBJ) at the National Institute of Genetics in Mishima, Japan. - http://www.ddbj.nig.ac.jp.

2.1.5. Estas grandes bases de datos forman el International Nucleotide Sequence Database, http://www.insdc.org/

2.2. Bases de datos de proteínas

2.2.1. The NCBI protein database (Entrez Proteins) - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez)

2.2.2. SWISS-PROT - http://www.expasy.org/sprot

2.2.3. TrEMBL (Translated EMBL) - http://www.expasy.org/sprot).

2.2.4. PIR (Protein Information Resource) - http://pir.georgetown.edu

2.3. Bases de datos por organismo

2.3.1. - http://www.genome.wisc.edu y http://ecoli.aist-nara.ac.jp Candida albicans

2.3.2. http://sequence-www.stanford.edu/group/candida Dictyostelium discoideum

2.3.3. http://www.uni-koeln.de/dictyostelium Entamoeba histolytica

2.3.4. Giardia lamblia - http://www.mbl.edu/Giardia

2.4. Bases de datos en America Latina

2.4.1. Laboratorio Nacional de Genómica para la Biodiversidad .(Mexico)http://www.langebio.cinvestav.mx/

2.4.2. El Centro Nacional de Bioinformática BIOINFO (Cuba)http://www.ecured.cu/index.php/Centro_Nacional_de_Bioinform%C3%A1tica_de_Cuba

2.4.3. Centro de Bioinformática y Biología Computacional de América Latina (CBBC). Colombia http://www.cbbc.org.co/Pages/aboutus.aspx

2.4.4. Centro de Bioinformática del Instituto de Biotecnología, de la Universidad Nacional de Colombia. ( CBIB)http://bioinf.ibun.unal.edu.co/cbib/

3. INVOLUCRA

3.1. Informática

3.2. Ciencias de la salud

3.3. Estadistica

3.4. Biología molecular

3.5. Biologia

3.6. Quimica

3.7. Inteligencia artificial

3.8. Medicina molecular

3.9. Ciencias de la computación

3.10. Matemática aplicada.

4. CAMPOS DE APLICACIÓN

4.1. Gestión de datos en el laboratorio

4.2. Ensamblaje de secuencias contiguas

4.3. Predicción de dominios funcionales en secuencias génicas

4.4. Alineación de secuencias

4.5. Determinación de la estructura de macromoléculas

4.6. Predicción de la estructura de macromoléculas

4.7. Evolución molecular

4.8. Árboles filogenéticos

4.9. Montaje del genoma

4.10. Modelado de la evolución

4.11. Estudio de genes y proteinas de un organismo

4.12. Obtención de secuencias ADN o proteinas similares

4.13. Búsquedas en las bases de datos de estructuras

5. DEFINICIÓN

5.1. Es la aplicación de la informática en la gestión y análisis de datos biologicos, facilitando el descubrimiento de nuevas ideas biológicas, basandose en el estudio de secuencias y estructuras moleculares a traves de algoritmos y programas especializados.

6. Ejemplo EL GENOMA HUMANO

6.1. Genoma es EL NÚMERO TOTAL DE CROMOSOMAS O SEA TODO EL D.N.A. (ácido desoxirribonucleico) de un organismo, incluido sus genes, los cuales llevan la información para la elaboración de todas las proteínas requeridas por el organismo, las que determinan el aspecto, el funcionamiento, el metabolismo, la resistencia a infecciones y otras enfermedades, y también algunos de sus procederes. El Proyecto Genoma Humano es una investigación internacional que busca seleccionar un modelo de organismo humano por medio del mapeo de la secuencia de su DNA.

6.1.1. OBJETIVOS DEL PROYECTO

6.1.1.1. Identificar los aproximadamente 100.000 genes humanos en el DNA. Determinar la secuencia de 3 billones de bases químicas que conforman el DNA, Acumular la información en bases de datos, Desarrollar de modo rápido y eficiente Tecnologías de secuenciación, Desarrollar herramientas para análisis de datos Dirigir las cuestiones éticas, legales y sociales que se derivan del proyecto.

7. VENTAJAS Y DESVENTAJAS

7.1. VENTAJAS

7.1.1. Dedicar un PC con linux es suficiente para realizar varias aplicaciones de secuencias , los programas son gratuitos, la base de datos sería más potente.

7.1.2. Servidor que diera servicio de bioinformática este servidor funcionaría en Linux o Unix tiene potencia de cálculo suficiente para soportar un proyecto genoma completo y múltiples usuarios.

7.1.3. El ensamblaje de las secuencias, búsquedas de similitudes, etc, se pueden realizar en servidores de internet que proveen de estas herramientas. Con lo que tenemos podemos funcionar.

7.1.4. Se usa la informatica para facilitar los procesos biologicos.

7.2. DESVENTAJAS

7.2.1. Con varios usuarios conectados sería todo muy lento.

7.2.2. El precio, hace falta un informático que controle el equipo, haga copias de seguridad, etc.

7.2.3. Herramientas limitadas, dependemos de las herramientas de la web.

7.2.4. Es necesario tener concocimientos tanto informaticos como biologicos.

8. ANEXO

9. ANEXO