1. Operador booleano: Son una herramienta que permite, de manera lógica y matemática, obtener resultados precisos y mejores de una búsqueda en particular, evitando así la redundancia
2. NCBI
2.1. Ofrece servicios y herramientas gratuitas
2.1.1. Búsqueda y descarga de genomas en diferentes formatos; FASTA, GenBank
3. Algoritmos de alineamiento múltiple
3.1. Función de puntaje
3.1.1. Exhaustivo: Concepto de fuerza bruta
3.1.1.1. Heurístico (todos): Descarta el encontrar soluciones óptimas debido a la dificultad que ello conlleva en aras de encontrar soluciones suficientemente satisfactorias
3.1.1.1.1. Alineamientos progresivos, herativos
4. Matrices
4.1. PAM: Mutación Puntual Aceptada y que su valor representa la probabilidad de llevar a cabo una mutación puntual de un aminoácido por otro
4.1.1. BLOSUM o Matriz de Sustitución de Bloques de aminoácidos y que también representan la probabilidad de cambios de un aminoácido pero a partir de bloques de 3 nucleótidos (Codones)
4.1.1.1. con un número elevado se utilizan comúnmente para comparar secuencias convergentes (BLOSUM 80 o 90 ) y BLOSUM con un número bajo para relacionar secuencias divergentes (BLOSUM 45 o 30), comúnmente se utiliza la matriz BLOSUM 62 por poseer un parentesco medio
5. Métodos para conocer el mejor alineamiento
5.1. 1) Menor número de missmatches (incoincidencias}
5.1.1. 2) Reducir el número de huecos
5.1.1.1. 3) Reducir el número de huecos y missmatches
5.1.1.1.1. 4) Mover 1 base o un hueco
6. ¿Por qué realizar alineamientos?
6.1. Para comparar patrones: secuencias, nt, aa
6.1.1. Nos da información: Local (sitio activo) o global, información estructural
7. Secuencias biológicas Se comparan para evaluar función
7.1. Ortólogo: MIsma función, diferente organismo
7.1.1. Parálogo: Diferente función, mismo organismo
7.1.1.1. La homología es cuantitativa, es o no es.
7.1.1.1.1. La similitud es un grado de parentesco y si es cuantificable (%)
8. Alineamiento de secuencias biológicas
8.1. Nucleotidos, aminoácidos y proteínas
8.1.1. Lenguaje, diversidad
8.1.1.1. Diversidad: Evolución, adaptación
8.1.1.1.1. Homología: Comparten ancestro y función en común
9. Alineamiento iterativo va mejorando; posibilidad de secuencias
9.1. Alineamiento, árbol guía, Iterativo, (acomodo y reacomodo)
9.1.1. Alineamiento basado en bloques; lejanas (global)