1. cariotipo de alta resolución
1.1. Cariotipo de resolución estándar de <500 bandas
1.1.1. Anomalías cromosómicas numéricas
1.1.2. Anomalías estructurales groseras
1.2. Cariotipo de alta resolución >800 bandas
1.2.1. Pequeñas deleciones o duplicaciones
1.3. Indicado sólo para:
1.3.1. Síndromes cromosómicos clásicos
1.3.2. Abortos de repetición
1.3.3. Familia con individuos que tienen una anomalía cromosómica balanceada
2. Exámenes complementarios
2.1. Han cambiado en los siguientes aspectos:
2.1.1. Eran dirigidas hacia el dx de una enfermedad, mientras que ahora más de CRIBADO
2.1.2. Nos han permitido diagnosticar y conocer nuevos síndromes
2.1.3. Van por delante de la clínica y a veces no conocemos el significado del resultado
2.1.4. Disminución del precio y mayor rapidez
3. Test diagnósticos
3.1. Para seleccionarlo, tener en cuenta:
3.1.1. Severidad del proceso
3.1.2. Los síndromes presentan una gran variabilidad y tienen un amplio espectro de expresividad
3.1.3. Selección de los test más apropiados: coste-efectividad
3.1.4. El proceso debe ser dirigido por un genetista clínico
4. Secuenciación de nueva generación
4.1. Potencial de detectar todos los tipos de variación genómica en un único experimento
4.1.1. Mutaciones puntuales
4.1.2. Variantes de nucleótido único
4.1.3. Pequeñas inserciones y deleciones
4.1.4. Anomalías estructurales (no todas)
4.1.4.1. Equilibradas: inversiones y traslocaciones
4.1.4.2. No equilibradas: deleciones y duplicaciones
4.2. Tiene diversas técnicas
4.2.1. Secuenciación dirigida
4.2.2. Secuenciación del exoma
4.2.3. Secuenciación del genoma completo
4.3. Podemos hacerla de distintas formas
4.3.1. Secuenciación de paneles de genes
4.3.1.1. En caso de que no encontremos nada NO podemos ampliar en el estudio, al contrario que en el de secuenciación del exoma dirigido
4.3.2. Secuenciación dirigida del exoma
4.3.2.1. Menor número de datos que se refieren a un problema, mayor facilidad para interpretar y menos hallazgos incidentales
4.3.2.2. En algún caso no se alcance una cobertura del 20X
4.3.2.3. Dirigida a enfermedades muy heterogéneas
4.3.2.4. Distintas herramientas de análisis e interpretación de resultados
4.3.2.5. Se analizan y valoran los datos y se realiza un informe
4.3.2.6. Podemos ver la cobertura del gen
4.3.3. Secuenciación de exoma clínico
4.3.3.1. Secuenciación y análisis de regiones codificantes de todos los genes que tienen asociado un fenotipo clínico que se encuentra en la base de datos OMIM
4.3.3.2. Tiene menos cantidad de datos que el completo pero su utilidad clínica es mayor
4.3.3.3. Su utilidad es principalmente en fenotipos complejos o cuando no podemos asignarlo a un grupo de genes
4.3.3.3.1. 1. Formas sindrómicas inespecíficas
4.3.3.3.2. 2. Casos sindrómicos con antecedentes que indican un componente genético
4.3.3.3.3. 3. Casos con componente genético con pruebas previas negativas
4.3.4. Secuenciación del exoma completo
4.3.4.1. Secuenciación y análisis de todos los genes que puede dar lugar a una enfermedad.
4.3.4.2. Importante reevaluar los cambios en el tiempo
4.3.4.3. Limitaciones:
4.3.4.3.1. Obtención de muchas variantes de significado incierto
4.3.4.3.2. Tiempo y coste
4.3.4.3.3. Aspectos éticos
4.3.4.4. Dirigido a:
4.3.4.4.1. Casos de interés científico
4.3.4.4.2. Descubrir variantes nuevas
4.3.5. Secuenciación completa del genoma
4.3.5.1. Reevaluar el cambio en el array, lo ideal en 6 meses
4.3.5.2. NO SE DEBEN USAR DE RUTINA
4.3.5.3. Hay áreas de genes que no codifican proteínas que también son secuenciadas
4.3.5.4. Debería sustituir al aCGH
4.4. Tener en cuenta
4.4.1. Secuenciación base a base: Cara y lenta
4.4.2. NGS
4.4.2.1. Tenemos paneles, WES y WGS
4.4.2.2. A veces, se obtienen VUS que no ayudan al dx
4.4.2.3. NO es una panacea para el dx genético. En los siguientes casos no detectaríamos la anomalía
4.4.2.3.1. Grandes deleciones, inserciones o duplicaciones
4.4.2.3.2. Mutaciones en áreas no codificantes
4.4.2.3.3. Mutaciones en intrones
4.4.2.3.4. Zonas de genes que se alteran por expansión de tripletes o por metilación
4.4.3. Más barata y rápida que la Sanger
5. Secuenciación sanger
5.1. Obsoleta
5.2. Limitaciones:
5.2.1. Genes grandes con altos costes
5.2.2. Heterogeneidad genética
5.2.3. NO sirve para identificación de genes de enfermedades complejas
6. Array CGH
6.1. Realización completa del genoma para detectar alteraciones desequilibradas en el material genético sin que conozcamos previamente su localización
6.2. No solo se ven pérdidas o ganancias, también vemos cambios balanceados
6.3. No se realiza siempre
6.4. Se han constituido de una variedad de sustratos de ADN
6.5. Pueden cubrir todo el genoma o ser dirigidos
6.6. Detecta cambios en el ADN de múltiples loci en un solo test
6.7. Detecta deleciones y/o duplicaciones de material con una gran sensibilidad y más eficazmente que el FISH
6.8. El FISH se usa para confirmar un dx clínico, pero aCGH no requiere un clínico experto que sospeche
6.9. FISH VA DIRIGIDA A UN GEN, PERO EL ARRAY OBSERVA EL MATERIAL GENÉTICO COMPLETO
6.10. NUEVOS SÍNDROMES CROMOSÓMICOS
6.10.1. Se han descubierto síndromes gracias a las nuevas técnicas:
6.10.1.1. Microdeleción 9q
6.10.1.2. Deleción 1p36: Deleción terminal más frecuente observada en humanos
6.10.2. Recomendaciones para el uso clínico de los arrays-CGH
6.10.2.1. Deben tener una cobertura uniforme de todo el genoma
6.10.2.2. Estar disponibles como 1a opción de rutina de laboratorio para la evaluación diagnóstica de pacientes con discapacidad intelectual, trastornos del espectro autista y anomalías congénitas múltiples
6.10.2.3. Orientados a regiones conocidas de patologías podrán aplicarse al dx prenatal
6.10.2.4. Deberán ser solicitados e interpretados por profesionales de la salud
6.10.2.5. Deberían ser informados por citogenistas, genetistas moleculares o genetistas clínicos
6.11. SIGNIFICADO DE LOS TIPOS DE VARIACIONES
6.11.1. Pueden ser:
6.11.1.1. Benignas
6.11.1.2. Patológicas
6.11.1.3. VUS (Variants of Unkwon Significant).
6.11.1.3.1. No sabemos si pueden ser patológicas o no
6.11.1.3.2. Ver si es grande para ver si afecta a genes sospechosos y ver si afecta a los padres
6.11.1.3.3. Ver cómo se ha conservado a lo largo de la evolución de las especies
6.11.1.3.4. Ver cómo altera la proteína que codifica esos genes
6.11.1.4. CNVS (copy number variation)
6.11.1.4.1. Cantidad de copias de un determinado fragmento
6.11.1.4.2. Estudiar genes o polimorfismos
7. MLPA
7.1. Detectar el número de copias de genes y estudios de metilación de detección de SNPs (pequeños cambios genéticos que ocurren en la secuencia del ADN de una persona
7.2. Puede analizar numerosos loci en una reacción y cuantificarlos
7.3. Sirve para el estudio de:
7.3.1. Deleciones subteloméricas
7.3.2. Microdelecciones
7.3.3. Síndromes de genes contiguos