1. Ziarniaki
1.1. tlenowe
1.1.1. Neisseria
1.1.1.1. Neisseria meningitidis, Neisseria gonorrhoeae
1.1.2. Moraxella
1.1.2.1. Moraxella catarrhalis
1.2. beztlenowe
1.2.1. Veillonella
2. Ziarniako-pałeczki
2.1. tlenowe
2.1.1. Haemophilius
2.1.1.1. Haemophilus influenzae, H. parainfluenzae. H. ducreyi
2.1.2. Bordetella
2.1.2.1. Bordetella pertussis, B. parapertussis, B. bronchoseptica
2.1.3. zoonozy
2.1.3.1. Francisella tulerensis
2.1.3.2. Pasteurella multocida
2.1.3.3. Brucella aborus, B. melitensis, B. suis, B. canis
3. Pałeczki
3.1. tlenowe
3.1.1. fermentujące
3.1.1.1. Shigella
3.1.1.1.1. czerwonka bakteryjna
3.1.1.1.2. zapelnie jelita grubego
3.1.1.2. Salmonella
3.1.1.2.1. serowary duru
3.1.1.2.2. serowary salmonelloz
3.1.1.3. Escherichia
3.1.1.3.1. komensale
3.1.1.3.2. patobionty
3.1.1.3.3. patogeny
3.1.1.4. Klebsiella
3.1.1.4.1. K. pneumoniae, K. oxytoca
3.1.1.5. Proteus
3.1.1.5.1. P. mirabilis
3.1.1.6. Enterobacter
3.1.1.6.1. E. cloaceae
3.1.1.7. Morganella
3.1.1.8. Citrobacter
3.1.1.9. Serratia
3.1.1.10. Yersinia
3.1.1.10.1. dżuma
3.1.1.10.2. zap. jelit i węzłów chłonnych krezki
3.1.2. niefermentujące
3.1.2.1. Pseudomonas
3.1.2.1.1. P. aeruginosa
3.1.2.2. Acinetobacter
3.1.2.2.1. A. baumani
3.1.2.3. Stenotrophomonas
3.1.2.3.1. S. maltophilia
3.1.2.4. Burkholderia
3.1.2.4.1. B. cepacia
3.2. beztlenowe
3.2.1. Bakterioides
3.2.1.1. B. fragilis
3.2.2. Prevotella
3.2.3. Porphyromonas
3.2.3.1. P. gingivalis
3.2.4. Fusobacterium