1. Con Categorías de Manejo
1.1. Reserva Marina
1.1.1. Se permiten poblaciones en áreas designadas
1.2. Zona Productora de agua
1.2.1. Se permiten poblaciones en áreas designadas de las zonas de amortiguamiento
1.3. Reserva Biológica
1.3.1. Se permiten poblaciones en áreas designadas de las zonas de amortiguamiento
1.4. Reserva Antropológica
1.4.1. Se permiten poblaciones en áreas designadas de las zonas de amortiguamiento
1.5. Reserva Forestal
1.5.1. Se permiten poblaciones en áreas designadas de las zonas de amortiguamiento
1.6. Zona de Reserva Ecológica
1.6.1. Se permiten poblaciones en áreas designadas de las zonas de amortiguamiento
1.7. Parque Nacional
1.7.1. Se permiten poblaciones en áreas designadas de las zonas de amortiguamiento
1.8. Reserva de Biósfera
1.8.1. Se permiten poblaciones en áreas designadas
1.9. Jardín Botánico
1.9.1. Se permiten poblaciones en áreas designadas de las zonas de amortiguamiento
1.10. Área de Manejo de Hábitat por Especie
1.10.1. Se permiten poblaciones en áreas designadas
1.11. Monumento Cultural
1.11.1. Se permiten poblaciones en áreas designadas de las zonas de amortiguamiento
1.12. Monumento Natural
1.12.1. Se permiten poblaciones en áreas designadas de las zonas de amortiguamiento
1.13. Área de Uso Múltiple
1.13.1. Se permiten poblaciones en áreas designadas
1.14. Refugio de Vida Silvestre
1.14.1. Se permiten poblaciones en áreas designadas de las zonas de amortiguamiento
2. Con Categorías internacionales
2.1. Río Plátano
2.1.1. RAMSAR No. 1254 febrero de 2003 (Laguna del Bacalar)Patrimonio de la Humanidad, Corazón del CBM
2.2. Patuca
2.2.1. Corazón del CBM
2.3. Tawahka
2.3.1. Corazón del CBM
2.4. Ruinas de Copán
2.4.1. Patrimonio de la Humanidad
2.5. Jeannette Kawas
2.5.1. RAMSAR No. 722 de marzo de 1995
2.6. Punta Izopo
2.6.1. RAMSAR No. 812 de marzo de 1996
2.7. Cuero y Salado
2.7.1. RAMSAR No. 619 junio 1993
2.8. Lago de Yojoa
2.8.1. RAMSAR No. 1467 de junio 2005
2.9. Humedales del Golfo de Fonseca
2.9.1. RAMSAR No. 1000 julio de 1999